RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G005840
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 1450554-1453139 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1341 bp · TkA01G005840|TK1151|cDNA

ATGATGCTTTCCCATTACAGACATGAAAATATCGTCCACCTCCTCGGATTTTGCAACGGGGTTCGTGAGAAGATCCTTGTGTACGAGCATGCAGCTCATGGAAGTCTTGATGTCCATTTGAGTAGCACTACTCTGACGTGGACTCAACGACTCAATATATGTCTTGGGGCCGCAAGGGGACTGTGCTACCTGCATGATCCCAAGGAGACACACGAAAGAGTTATCCATAGGGATATAAAAAGTGCCAACATTCTCTTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1341 bp · TkA01G005840|TK1151|CDS

ATGATGCTTTCCCATTACAGACATGAAAATATCGTCCACCTCCTCGGATTTTGCAACGGGGTTCGTGAGAAGATCCTTGTGTACGAGCATGCAGCTCATGGAAGTCTTGATGTCCATTTGAGTAGCACTACTCTGACGTGGACTCAACGACTCAATATATGTCTTGGGGCCGCAAGGGGACTGTGCTACCTGCATGATCCCAAGGAGACACACGAAAGAGTTATCCATAGGGATATAAAAAGTGCCAACATTCTCTTAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

446 aa · TkA01G005840|TK1151|PROTEIN

MMLSHYRHENIVHLLGFCNGVREKILVYEHAAHGSLDVHLSSTTLTWTQRLNICLGAARGLCYLHDPKETHERVIHRDIKSANILLDENWNAKIADMGLSKRGPANQGQSFVATNVAGTLFYADPEYMETSILTKESDVYSFGVVLLEVLCGTLCFEMKNGIPRRLVQRWVQRYENKKLEEIIFYPLRQGMDRKSSDTFSEIVYECLVKPHAQRPSMSHVVEKIEIALHFQEEFSKMELEKMLRSERYFNKEIFEKAEFQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G005840
TK1151 IDTkA01G005840
OH-1004 IDLXL04_005760
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)60.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 81.839 / OH-1004 55.263
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G005840
位置Chr01:1450554-1453139 (-)
描述Similar to At5g38990: Probable receptor-like protein kinase At5g38990
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g46290 营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇 独立的方式进行。
Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
At5g38990 可能的受体样蛋白激酶At5g38990。 暂无已核实直接文献
At5g59700 可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。 暂无已核实直接文献
At5g39000 推测的受体样蛋白激酶At5g39000。 暂无已核实直接文献
At5g54380 营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇 独立的方式进行。
A receptor-like kinase mediates the response of Arabidopsis cells to the inhibition of cellulose synthesis.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.05.018
Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005760 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009791 post-embryonic development 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010038 response to metal ion 生物过程
GO:0010118 stomatal movement 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0010483 pollen tube reception 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G46290
ath:AT3G51550
ath:AT5G28680
ath:AT5G38990
ath:AT5G39000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550
排名 1 · TkA01G005840 · TK1151
细胞核0.311
排名 2 · TkA01G005840 · TK1151
细胞膜0.206
排名 3 · TkA01G005840 · TK1151
内质网0.095
排名 4 · TkA01G005840 · TK1151
高尔基体0.057
排名 5 · TkA01G005840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase2-222 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr2-224 aa
PF13384HTH_23161-179 aa
PF13518HTH_28161-180 aa
PF29418DUF3723_N228-284 aa
PF00069Pkinase252-279 aa
PF14874PapD-like334-367 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G005840PF00069Pkinase22221.5e-34120.4
TkA01G005840PF07714PK_Tyr_Ser-Thr22241.9e-34119.9
TkA01G005840PF13384HTH_231611790.04114.4
TkA01G005840PF13518HTH_281611800.2812.0
TkA01G005840PF29418DUF3723_N2282840.03415.0
TkA01G005840PF00069Pkinase2522791.5e-34120.4
TkA01G005840PF14874PapD-like3343670.3111.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LX66拟南芥sp|Q9LX66|HERK_ARATH Receptor-like protein kinase HERK 146.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FID9拟南芥sp|Q9FID9|Y5389_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g3899045.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FN92拟南芥sp|Q9FN92|Y5597_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g5970046.900%Swiss-Prot中等置信
Q9FID8拟南芥sp|Q9FID8|Y5900_ARATH Putative receptor-like protein kinase At5g3900044.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LK35拟南芥sp|Q9LK35|THE1_ARATH Receptor-like protein kinase THESEUS 145.400%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看