TkA01G005780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G005780

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 1436525-1438689 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1308 bp · TkA01G005780|TK1151|cDNA

ATGATCTCTAAAACATCCCACGACAACGAGAGTTCCAAACTAGAGTTTGAAGAGATGGTTAAGGCTGCATTCAGAACAAAGGAACTAGAGATGCTTCTCTTCATAAGACTCCACAACAAAGAGATTTCTGAAAGGGAGTTTAAAGAGATGGTTGAGGCCGTGGTCAGCAAAGGGGAACAAGAGATGCTTCTCTTCAAGAGATCCCACAACAAAGAAACTTCAGTTCGGGAGTTTAAAGAGATAATGGTTAAATCAGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1308 bp · TkA01G005780|TK1151|CDS

ATGATCTCTAAAACATCCCACGACAACGAGAGTTCCAAACTAGAGTTTGAAGAGATGGTTAAGGCTGCATTCAGAACAAAGGAACTAGAGATGCTTCTCTTCATAAGACTCCACAACAAAGAGATTTCTGAAAGGGAGTTTAAAGAGATGGTTGAGGCCGTGGTCAGCAAAGGGGAACAAGAGATGCTTCTCTTCAAGAGATCCCACAACAAAGAAACTTCAGTTCGGGAGTTTAAAGAGATAATGGTTAAATCAGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

435 aa · TkA01G005780|TK1151|PROTEIN

MISKTSHDNESSKLEFEEMVKAAFRTKELEMLLFIRLHNKEISEREFKEMVEAVVSKGEQEMLLFKRSHNKETSVREFKEIMVKSEREFEEMVESVWFSLNKDGELREMISGEHCCHSISHNVGTTTVNLKSRDSKSPNKDFYIWSSKHMRVQLLSPGITYTVNLVFKLQQTTKMYNYLQYKFAGESEFSTSFISNEREYGWMTTDKLCHFISTNENVDLDIIYVGCEDAMLIEGIEIRSLDRDEQVLEEEEVDITHPDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G005780`
TK1151 ID	TkA01G005780
OH-1004 ID	LXL04_011396
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	48.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.322 / OH-1004 42.538 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G005780`
位置	Chr01:1436525-1438689 (-)
描述	Similar to At5g38990: Probable receptor-like protein kinase At5g38990
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011396` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程 GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009791 post-embryonic development 生物过程 GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程 GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010038 response to metal ion 生物过程 GO:0010118 stomatal movement 生物过程 GO:0010483 pollen tube reception 生物过程 GO:0030308 negative regulation of cell growth 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G30570 ath:AT3G51550 ath:AT5G28680 ath:AT5G38990 ath:AT5G39000 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561

排名 1 · TkA01G005780 · TK1151

细胞核0.424

排名 2 · TkA01G005780 · TK1151

细胞膜0.115

排名 3 · TkA01G005780 · TK1151

内质网0.068

排名 4 · TkA01G005780 · TK1151

细胞外0.045

排名 5 · TkA01G005780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16872putAbiC2-39 aa

PF27320YurS_helical12-21 aa

PF09344Cas_CT197516-96 aa

PF08985DP-EP20-78 aa

PF27320YurS_helical37-54 aa

PF16872putAbiC38-83 aa

PF14299PP241-74 aa

PF27320YurS_helical85-94 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G005780	`PF16872`	putAbiC	2	39	0.0012	20.0
TkA01G005780	`PF27320`	YurS_helical	12	21	1.6	9.7
TkA01G005780	`PF09344`	Cas_CT1975	16	96	0.38	10.9
TkA01G005780	`PF08985`	DP-EP	20	78	0.43	11.7
TkA01G005780	`PF27320`	YurS_helical	37	54	1.6	9.7
TkA01G005780	`PF16872`	putAbiC	38	83	0.0012	20.0
TkA01G005780	`PF14299`	PP2	41	74	2e-11	44.8
TkA01G005780	`PF27320`	YurS_helical	85	94	1.6	9.7
TkA01G005780	`PF14299`	PP2	150	239	2e-11	44.8
TkA01G005780	`PF08985`	DP-EP	157	202	0.43	11.7
TkA01G005780	`PF08985`	DP-EP	250	260	0.43	11.7
TkA01G005780	`PF14299`	PP2	347	428	2e-11	44.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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