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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G004590
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 1213854-1215482 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1354 bp · TkA01G004590|TK1151|cDNA

CATGTATGTAAGAGGTGGGCACCACAATGTCAAGATTTATGGATTCCAAGATCATATGTTGTCATAGATGGTTTACCACTTCTTGCTGGTGTCTTTAACCCGAGAGGATCGAAAGAGAAGAACGGAAAAACAGGAAAAAAAAAACCCTAATAACATCTGATCAATGGCTGACGATCTCAAGTTCCAGCCTTTCAAAAAAGGAGCAGAGGTCGAAGTAAGCAGCAACGACAACGGCTTCCGAGGAGCCTGGTATTCCGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · TkA01G004590|TK1151|CDS

ATGGCTGACGATCTCAAGTTCCAGCCTTTCAAAAAAGGAGCAGAGGTCGAAGTAAGCAGCAACGACAACGGCTTCCGAGGAGCCTGGTATTCCGGCACCGTAATTAAACCCAAGAACAGCAACAATAAGCACTCGTTACTAGTGGAATACAAGACGTTAATGGCGGATGAATCTGGAACCAAACCCCTCCGTGAAACCCTTGACGTTATTCAGTTAAGACCCCTTCCCCCTCGCGAAAAGCGCGATAGTAATTTCAAGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

305 aa · TkA01G004590|TK1151|PROTEIN

MADDLKFQPFKKGAEVEVSSNDNGFRGAWYSGTVIKPKNSNNKHSLLVEYKTLMADESGTKPLRETLDVIQLRPLPPREKRDSNFKFSDEVDAYYNDGWWEGVVTAVLPGNRYSVFFRATREQLEFSRSELRLHREWIDGKWVPPLEEHVQEASLSTEFKIRNNDRFSKGELVEVCSDEDGFQGAWFTATVLEQVNTKNVKIQYKSLRNDEDTEFLTEVVDIKHIRPHPGDEIVDHFRVLEEVDALYNDGWWVGVISKVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G004590
TK1151 IDTkA01G004590
OH-1004 IDLXL04_005941
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G004590
位置Chr01:1213854-1215482 (-)
描述Similar to AGDP1: Protein AGENET DOMAIN (AGD)-CONTAINING P1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g09320 异染色质结合蛋白，优先结合长转座子并特异识别组蛋白H3的'赖氨酸-9'甲基化(H3K9me)标记，对二甲基化H3K9(H3K9me2)有更强亲和力。
Arabidopsis AGDP1 links H3K9me2 to DNA methylation in heterochromatin.2018 · DOI: 10.1038/s41467-018-06965-w
Plant HP1 protein ADCP1 links multivalent H3K9 methylation readout to heterochromatin formation.2019 · DOI: 10.1038/s41422-018-0104-9
At1g26540 可能通过RNA运输参与植物细胞的极向生长。
Characterization of DUF724 gene family in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9551-5
At1g03300 可能通过RNA运输参与植物细胞的极向生长。
Characterization of DUF724 gene family in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9551-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005941 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分
GO:0000792 heterochromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0042393 histone binding 分子功能
GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
GO:0140566 histone reader activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09320
ath:AT1G26540
ath:AT2G47230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.942
排名 1 · TkA01G004590 · TK1151
细胞质0.114
排名 2 · TkA01G004590 · TK1151
细胞膜0.030
排名 3 · TkA01G004590 · TK1151
内质网0.022
排名 4 · TkA01G004590 · TK1151
质体0.013
排名 5 · TkA01G004590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00018SH3_19-34 aa
PF07653SH3_210-25 aa
PF23327Chromo_MORC2_6th11-42 aa
PF05641Agenet13-77 aa
PF12371TMEM131_like_N17-40 aa
PF25313BRWD_AD22-44 aa
PF18359Tudor_522-50 aa
PF18358Tudor_425-36 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G004590PF00018SH3_19340.002418.2
TkA01G004590PF07653SH3_210253.28.2
TkA01G004590PF23327Chromo_MORC2_6th11422.1e-0731.3
TkA01G004590PF05641Agenet13771.4e-53179.9
TkA01G004590PF12371TMEM131_like_N17400.1712.8
TkA01G004590PF25313BRWD_AD22440.004617.7
TkA01G004590PF18359Tudor_522500.01715.6
TkA01G004590PF18358Tudor_425364.27.8
TkA01G004590PF25313BRWD_AD821100.004617.7
TkA01G004590PF05641Agenet891461.4e-53179.9
TkA01G004590PF23327Chromo_MORC2_6th891102.1e-0731.3
TkA01G004590PF18358Tudor_4911074.27.8
TkA01G004590PF00018SH3_1961040.002418.2
TkA01G004590PF18359Tudor_5961170.01715.6
TkA01G004590PF07653SH3_2961043.28.2
TkA01G004590PF18358Tudor_41391434.27.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q500V5拟南芥sp|Q500V5|AGDP1_ARATH Protein AGENET DOMAIN (AGD)-CONTAINING P144.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FZD9拟南芥sp|Q9FZD9|DUF3_ARATH DUF724 domain-containing protein 330.300%Swiss-Prot中等置信
Q9ZVT1拟南芥sp|Q9ZVT1|DUF1_ARATH DUF724 domain-containing protein 130.500%Swiss-Prot中等置信

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