TkA01G004520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G004520

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 1195168-1197839 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1936 bp · TkA01G004520|TK1151|cDNA

CACACAAACACATACATATGGGTGGCTTAGGAATTCTCTTCTCGTTGGTCGCGATAACTTCATTCCTTCCGGTTTACATTGTTGGTGGCACCACCAGGAGTTATGAGTTTAACATCCAACTGCAAAATGTTACACGGCTGTGTCACACAAGGAGCATGGTGACCGTGAACGGGAAATTTCCAGGTCCTCGAATCGTTGCTAGAGAGGGTGACCGTTTGCTTATCAAAGTCACAAACCATGTCTCCAATAACATAACAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1704 bp · TkA01G004520|TK1151|CDS

ATGGGTGGCTTAGGAATTCTCTTCTCGTTGGTCGCGATAACTTCATTCCTTCCGGTTTACATTGTTGGTGGCACCACCAGGAGTTATGAGTTTAACATCCAACTGCAAAATGTTACACGGCTGTGTCACACAAGGAGCATGGTGACCGTGAACGGGAAATTTCCAGGTCCTCGAATCGTTGCTAGAGAGGGTGACCGTTTGCTTATCAAAGTCACAAACCATGTCTCCAATAACATAACAATCCATTGGCATGGTATCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

567 aa · TkA01G004520|TK1151|PROTEIN

MGGLGILFSLVAITSFLPVYIVGGTTRSYEFNIQLQNVTRLCHTRSMVTVNGKFPGPRIVAREGDRLLIKVTNHVSNNITIHWHGIRQLRSGWADGPAYITQCPIQTGQSYVYNYTVVGQRGTLFWHAHISWLRASVYGPLIILPKLNVPYPFTKPYKEVPIIFGEWFNTDPEAIIAQATQTGGGPNVSDAYTFNGLPGPLYNCSAKDTFKLKVKNGKTYLLRLINAALNDELFFSIANHSLTVVEADAIYVKPFNTKTI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G004520`
TK1151 ID	TkA01G004520
OH-1004 ID	LXL04_005938
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G004520

位置 Chr01:1195168-1197839 (-)

描述 Similar to LAC17: Laccase-17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60020`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`At2g29130`	木质素降解和木质素衍生产物的解毒（通过相似性）。	Mutant identification and characterization of the laccase gene family in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl022

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0842400`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`Os05g0458500`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`Os05g0458600`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005938 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009698 phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0046274 lignin catabolic process 生物过程

GO:0080022 primary root development 生物过程

GO:0080112 seed growth 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0052716 hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29130

ath:AT5G60020

dosa:Os01g0842400

dosa:Os03g0273200

dosa:Os05g0458600

osa:4339003

osa:4339004

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.843

排名 1 · TkA01G004520 · TK1151

细胞质0.058

排名 2 · TkA01G004520 · TK1151

内质网0.040

排名 3 · TkA01G004520 · TK1151

细胞膜0.038

排名 4 · TkA01G004520 · TK1151

溶酶体／液泡0.025

排名 5 · TkA01G004520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732Cu-oxidase_333-146 aa

PF07731Cu-oxidase_256-87 aa

PF00394Cu-oxidase159-310 aa

PF07732Cu-oxidase_3190-217 aa

PF07731Cu-oxidase_2251-274 aa

PF07731Cu-oxidase_2426-549 aa

PF00394Cu-oxidase466-547 aa

PF07732Cu-oxidase_3509-549 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G004520	`PF07732`	Cu-oxidase_3	33	146	2e-43	148.0
TkA01G004520	`PF07731`	Cu-oxidase_2	56	87	2.1e-42	144.8
TkA01G004520	`PF00394`	Cu-oxidase	159	310	1e-43	149.9
TkA01G004520	`PF07732`	Cu-oxidase_3	190	217	2e-43	148.0
TkA01G004520	`PF07731`	Cu-oxidase_2	251	274	2.1e-42	144.8
TkA01G004520	`PF07731`	Cu-oxidase_2	426	549	2.1e-42	144.8
TkA01G004520	`PF00394`	Cu-oxidase	466	547	1e-43	149.9
TkA01G004520	`PF07732`	Cu-oxidase_3	509	549	2e-43	148.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJD5`	拟南芥	sp\|Q9FJD5\|LAC17_ARATH Laccase-17	77.300%	Swiss-Prot	高置信
`O81081`	拟南芥	sp\|O81081\|LAC2_ARATH Laccase-2	71.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q5N9X2`	水稻	sp\|Q5N9X2\|LAC4_ORYSJ Laccase-4	71.700%	Swiss-Prot	高置信
`B9FJH4`	水稻	sp\|B9FJH4\|LAC12_ORYSJ Laccase-12	69.600%	Swiss-Prot	高置信
`P0DKK6`	水稻	sp\|P0DKK6\|LAC13_ORYSJ Laccase-13	69.600%	Swiss-Prot	高置信

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