LXL04_040138 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_040138

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000420.1 坐标: 1306-5560 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2436 bp · LXL04_040138|LXL04_040138|OH1004|cDNA

ATGTATCAACAGAATCATTTGATTCTTTCGGTTAATAATTCTAAACAGACTCCATTTTTGGGGCACAACAAGAATTTTTATTCGCAAGTAATGTCAGAGGCTCTTCGCTATTGGATAAAAGATGCTTCCTCTTTGCATTTATTAAGATTCTTTCTCCATGAGTGTCATAATTGGGATAGTCTTATTACTTCAAATTCAAAGAAAGGCAGTTCTTCGTTTTcaaaaagaaatcacagacTATTCTTCTTCCTATATACTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2436 bp · LXL04_040138|LXL04_040138|OH1004|CDS

ATGTATCAACAGAATCATTTGATTCTTTCGGTTAATAATTCTAAACAGACTCCATTTTTGGGGCACAACAAGAATTTTTATTCGCAAGTAATGTCAGAGGCTCTTCGCTATTGGATAAAAGATGCTTCCTCTTTGCATTTATTAAGATTCTTTCTCCATGAGTGTCATAATTGGGATAGTCTTATTACTTCAAATTCAAAGAAAGGCAGTTCTTCGTTTTCAAAAAGAAATCACAGACTATTCTTCTTCCTATATACTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

811 aa · LXL04_040138|LXL04_040138|OH1004|PROTEIN

MYQQNHLILSVNNSKQTPFLGHNKNFYSQVMSEALRYWIKDASSLHLLRFFLHECHNWDSLITSNSKKGSSSFSKRNHRLFFFLYTSHVCEYESGFLFLRNQSSHLRSTSSGALIERIYFYGKIEHFAEVRAFQANLWLFKDPFMHYVRYQGKSILASKGTFLLMNKWKYYFINFWKSYFYLWSQPGRISINQLSNHSLDFLGYRSSVRLKPSMVRSQMLENAFLIENVIKKFETIVPIMPLIGSLAKSKFCNALGHPIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_040138`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_040138`
位置	JAJTUU010000420.1:1306-5560 (-)
描述	Similar to matK: Maturase K
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_040138` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008033 tRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	han:4055638 lsv:3772834 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.537

排名 1 · LXL04_040138 · OH-1004

线粒体0.235

排名 2 · LXL04_040138 · OH-1004

细胞核0.094

排名 3 · LXL04_040138 · OH-1004

细胞质0.089

排名 4 · LXL04_040138 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_040138 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01824.24MatK_N1-35 aa

PF01824.24MatK_N34-203 aa

PF01348.27Intron_maturas2231-352 aa

PF00124.25Photo_RC376-437 aa

PF00124.25Photo_RC435-632 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_040138	`PF01824.24`	MatK_N	1	35	2e-83	281.5
LXL04_040138	`PF01824.24`	MatK_N	34	203	2e-83	281.5
LXL04_040138	`PF01348.27`	Intron_maturas2	231	352	3.6e-37	128.2
LXL04_040138	`PF00124.25`	Photo_RC	376	437	4.2e-74	249.8
LXL04_040138	`PF00124.25`	Photo_RC	435	632	4.2e-74	249.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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