LXL04_040110 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_040110

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000305.1 坐标: 4955-9939 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2250 bp · LXL04_040110|LXL04_040110|OH1004|cDNA

ATGGTAAGCCTATCTTTCTCCATATGGAAGTGCTGCGGGCACATAGAGATGTGGGTAGAGGAAGCCTCAAAAAGCGAAGGCCGAGCTGTAGGTCACGTGACCTGCACCGAGTTGGTGGCTGACTGGGCTTTTGATTTGATCAAAGCAGAGAAGCTCGCCTTCTTGTTATCCAAAAGCAAAAGGGTATGCTGGGATTCGCGAAGAGCAGCACCTTACGATGTTCATGACCAATCGGATCCTGACGTACCAGTAGGTACCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2250 bp · LXL04_040110|LXL04_040110|OH1004|CDS

ATGGTAAGCCTATCTTTCTCCATATGGAAGTGCTGCGGGCACATAGAGATGTGGGTAGAGGAAGCCTCAAAAAGCGAAGGCCGAGCTGTAGGTCACGTGACCTGCACCGAGTTGGTGGCTGACTGGGCTTTTGATTTGATCAAAGCAGAGAAGCTCGCCTTCTTGTTATCCAAAAGCAAAAGGGTATGCTGGGATTCGCGAAGAGCAGCACCTTACGATGTTCATGACCAATCGGATCCTGACGTACCAGTAGGTACCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

749 aa · LXL04_040110|LXL04_040110|OH1004|PROTEIN

MVSLSFSIWKCCGHIEMWVEEASKSEGRAVGHVTCTELVADWAFDLIKAEKLAFLLSKSKRVCWDSRRAAPYDVHDQSDPDVPVGTRGDRYDRYCIRIEEMRQSVRIIVQCPNQMPSGMIKADDRKLCPPSRSRMKLSMESCAEPSTSWEARHQVSGLMRITKLTRRSWLLAQQGGALPHRRRTRGSVRGGASGFQCTASKIRTSLPADHCRPILELGCWIRDPRSRLDQHPTERGQSLEATGWETKRTLGLFLSSSRPR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_040110`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_040110

位置 JAJTUU010000305.1:4955-9939 (+)

描述 Similar to Probable cytochrome c biosynthesis protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q9T6H8`	与CCMFC、CCMFN2和CCMH形成复合体，在线粒体中进行血红素与c型前细胞色素的组装。	暂无已核实直接文献
`AtMg00960`	与 CCMFC、CCMFN1 和 CCMH 形成复合物，在线粒体中执行血红素与 c 型假细胞色素的组装。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_040110 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0017004 cytochrome complex assembly 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0015232 heme transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0020037 heme binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.439

排名 1 · LXL04_040110 · OH-1004

细胞质0.408

排名 2 · LXL04_040110 · OH-1004

线粒体0.139

排名 3 · LXL04_040110 · OH-1004

细胞膜0.108

排名 4 · LXL04_040110 · OH-1004

内质网0.057

排名 5 · LXL04_040110 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00346.25Complex1_49kDa62-144 aa

PF00346.25Complex1_49kDa332-419 aa

PF01578.27Cytochrom_C_asm459-670 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_040110	`PF00346.25`	Complex1_49kDa	62	144	1.8e-51	175.5
LXL04_040110	`PF00346.25`	Complex1_49kDa	332	419	1.8e-51	175.5
LXL04_040110	`PF01578.27`	Cytochrom_C_asm	459	670	2e-06	28.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T6H8`	拟南芥	Cytochrome c biogenesis CcmF N-terminal-like mitochondrial protein 1	87.027%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q33884`	拟南芥	Cytochrome c biogenesis CcmF N-terminal-like mitochondrial protein 2 (Fragment)	68.205%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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