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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_039341
当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000010.1 坐标: 3571078-3573513 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2436 bp · LXL04_039341|LXL04_039341|OH1004|cDNA

ATGATTGGTCGCAGCCGTTCGTTCACCAGGTACGTCTTCAACAATCTTCAATTACTATCGACTTCCCGGGGAAACGACCGCCACAGACTTGGGAAATATCTGAACCGCCGATTAGTTTCGATTCCCGGAAGAAATGATAATGTTTTTGCAACGAGCCCAAGCCCTAATTTTTGTTCCCGGAGTTACTGCACCGGGAAGAACAACGAGTGGACAGAAGAAATCGAGTACCTAGATGAATCCGGCGGTGTTATTTACACCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2436 bp · LXL04_039341|LXL04_039341|OH1004|CDS

ATGATTGGTCGCAGCCGTTCGTTCACCAGGTACGTCTTCAACAATCTTCAATTACTATCGACTTCCCGGGGAAACGACCGCCACAGACTTGGGAAATATCTGAACCGCCGATTAGTTTCGATTCCCGGAAGAAATGATAATGTTTTTGCAACGAGCCCAAGCCCTAATTTTTGTTCCCGGAGTTACTGCACCGGGAAGAACAACGAGTGGACAGAAGAAATCGAGTACCTAGATGAATCCGGCGGTGTTATTTACACCGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

811 aa · LXL04_039341|LXL04_039341|OH1004|PROTEIN

MIGRSRSFTRYVFNNLQLLSTSRGNDRHRLGKYLNRRLVSIPGRNDNVFATSPSPNFCSRSYCTGKNNEWTEEIEYLDESGGVIYTGKGIRSVEPGVDDHVMVGGIKQPFSNASAVAKIVEIVKRWKWGPEMETQLDKLQFVPNMIHITQALKITGDGDASLSLFKWAKRQSWYSPNDECYLSLIDQLNQSRDFEAIHSVFDDLIRDSTKTKVVPEFNSFGRIIQYLTKAEKLEVSFCCFKKIQESGCKVDTKTYNSLIT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_039341
TK1151 IDTkA04G230820
OH-1004 IDLXL04_039341
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_039341
位置JAJTUU010000010.1:3571078-3573513 (-)
描述Similar to EMB2217: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g79490, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g79490 含五个重复肽序列蛋白 At1g79490，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At1g18900 含五重复肽的蛋白 At1g18900。 暂无已核实直接文献
At1g74750 五重复蛋白复合含蛋白 At1g74750。 暂无已核实直接文献
At3g06920 含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。 暂无已核实直接文献
At2g02150 推定含五聚重复序列蛋白 At2g02150。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039341 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G18900
ath:AT1G74750
ath:AT1G79490
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.837
排名 1 · LXL04_039341 · OH-1004
质体0.092
排名 2 · LXL04_039341 · OH-1004
细胞核0.074
排名 3 · LXL04_039341 · OH-1004
细胞质0.043
排名 4 · LXL04_039341 · OH-1004
细胞膜0.015
排名 5 · LXL04_039341 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N142-302 aa
PF13041.13PPR_2222-261 aa
PF23276.3TPR_24240-347 aa
PF17177.11PPR_long241-372 aa
PF13041.13PPR_2251-298 aa
PF01535.27PPR254-283 aa
PF13812.13PPR_3274-334 aa
PF29070.1MSC6_N276-374 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_039341PF29070.1MSC6_N1423029.9e-2175.0
LXL04_039341PF13041.13PPR_22222615.7e-51171.1
LXL04_039341PF23276.3TPR_242403473e-2486.2
LXL04_039341PF17177.11PPR_long2413725e-2795.4
LXL04_039341PF13041.13PPR_22512985.7e-51171.1
LXL04_039341PF01535.27PPR2542831.2e-42141.9
LXL04_039341PF13812.13PPR_32743342.1e-30105.3
LXL04_039341PF29070.1MSC6_N2763749.9e-2175.0
LXL04_039341PF13041.13PPR_22933205.7e-51171.1
LXL04_039341PF12854.14PPR_13183485.2e-31106.8
LXL04_039341PF13041.13PPR_23243575.7e-51171.1
LXL04_039341PF01535.27PPR3243531.2e-42141.9
LXL04_039341PF13812.13PPR_33443952.1e-30105.3
LXL04_039341PF13041.13PPR_23583915.7e-51171.1
LXL04_039341PF01535.27PPR3593851.2e-42141.9
LXL04_039341PF29070.1MSC6_N3664459.9e-2175.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SAK0拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g79490, mitochondrial73.174%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8GYP6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1890026.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SSF9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g7475025.349%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9M907拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0692022.833%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
P0C894拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0215024.266%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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