LXL04_039299 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039299

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000010.1 坐标: 802567-823921 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

9378 bp · LXL04_039299|LXL04_039299|OH1004|cDNA

atgatcagagaagtgcacttcccaaagTGGCTAGCAAACatggtggtagtacaaaagaagaacggaaaatggagagtttgtgtagatttcacagatctcaacaaagcatgtccaaaagatccatttccgctaccccacatcgattcgatgattgacgcaacaaTTGGTCATGAATtactcacattcatggacgtatcctcaggctttcatcaaatacaaatcgaaccttctgatcaagaagataccgccttcataactcc...

CDS

下载 CDS FASTA

9378 bp · LXL04_039299|LXL04_039299|OH1004|CDS

ATGATCAGAGAAGTGCACTTCCCAAAGTGGCTAGCAAACATGGTGGTAGTACAAAAGAAGAACGGAAAATGGAGAGTTTGTGTAGATTTCACAGATCTCAACAAAGCATGTCCAAAAGATCCATTTCCGCTACCCCACATCGATTCGATGATTGACGCAACAATTGGTCATGAATTACTCACATTCATGGACGTATCCTCAGGCTTTCATCAAATACAAATCGAACCTTCTGATCAAGAAGATACCGCCTTCATAACTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3125 aa · LXL04_039299|LXL04_039299|OH1004|PROTEIN

MIREVHFPKWLANMVVVQKKNGKWRVCVDFTDLNKACPKDPFPLPHIDSMIDATIGHELLTFMDVSSGFHQIQIEPSDQEDTAFITPTGIYCYTAMPFGLKNVGVTYQRPVNRMFKDKLGDTMEVYIDEMVVISKKAEDHLRDLEEAFRILDEYNMKLNPAKCHFGVKAGKFLGYMVTKRGIEAQPRTNKSHDQLKAPSSVKDIQRLTGRIAALNRFISRSSDRCKPFYDILKKNKKFEWKEEHEKSFQELKTYLSTPPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039299`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_039299`
位置	JAJTUU010000010.1:802567-823921 (-)
描述	Similar to pol: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 297
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_039299` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006313 DNA transposition 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0008233 peptidase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.701

排名 1 · LXL04_039299 · OH-1004

细胞核0.313

排名 2 · LXL04_039299 · OH-1004

线粒体0.096

排名 3 · LXL04_039299 · OH-1004

细胞膜0.059

排名 4 · LXL04_039299 · OH-1004

内质网0.051

排名 5 · LXL04_039299 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00078.33RVT_117-176 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2240-299 aa

PF13456.13RVT_3345-431 aa

PF13456.13RVT_3586-672 aa

PF17921.8Integrase_H2C2788-843 aa

PF00665.33rve862-957 aa

PF29688.1TnsB_C918-975 aa

PF31073.1DUF88031080-1133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039299	`PF00078.33`	RVT_1	17	176	1.5e-67	228.1
LXL04_039299	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	240	299	5.4e-33	113.7
LXL04_039299	`PF13456.13`	RVT_3	345	431	7.9e-45	152.5
LXL04_039299	`PF13456.13`	RVT_3	586	672	7.9e-45	152.5
LXL04_039299	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	788	843	1.9e-18	67.0
LXL04_039299	`PF00665.33`	rve	862	957	2.4e-13	50.9
LXL04_039299	`PF29688.1`	TnsB_C	918	975	1.5e-06	28.8
LXL04_039299	`PF31073.1`	DUF8803	1080	1133	4.9e-18	65.4
LXL04_039299	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	1871	1942	3.2e-07	31.3
LXL04_039299	`PF00078.33`	RVT_1	2415	2574	1.5e-67	228.1
LXL04_039299	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	2638	2736	5.4e-33	113.7
LXL04_039299	`PF17917.8`	RT_RNaseH	2666	2765	1.9e-19	70.5
LXL04_039299	`PF00075.31`	RNase_H	2810	2883	1.5e-11	45.3
LXL04_039299	`PF13456.13`	RVT_3	2815	2932	7.9e-45	152.5
LXL04_039299	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	3047	3103	1.9e-18	67.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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