基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_038995
当前版本: OH-1004
染色体: Chr09
坐标: 55782709-55793679
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1965 bp · LXL04_038995|LXL04_038995|OH1004|cDNA
ATGGGGGAGGAGACATCAAAGACGAGCTACAAATTACTTAGTGGGCTTAGCTTTAAGCCCAATGGTCAAAAGGGTGGCTTCAAAGCTTCTGGTTTCATCTTTGGTTTGGTGGCATTGGAGAACATGGGATTCATATCAAATGTACTGATATTGTTCTCCTACTTCATGAAAGATTTGAGTTTCAACATCCCTGGGGCCGCAAACACAGTCACTAATTTTATGGGCTCGACGTTTCTACTATCAATTATTGGTGCTTTTAT...
CDS
下载 CDS FASTA1965 bp · LXL04_038995|LXL04_038995|OH1004|CDS
ATGGGGGAGGAGACATCAAAGACGAGCTACAAATTACTTAGTGGGCTTAGCTTTAAGCCCAATGGTCAAAAGGGTGGCTTCAAAGCTTCTGGTTTCATCTTTGGTTTGGTGGCATTGGAGAACATGGGATTCATATCAAATGTACTGATATTGTTCTCCTACTTCATGAAAGATTTGAGTTTCAACATCCCTGGGGCCGCAAACACAGTCACTAATTTTATGGGCTCGACGTTTCTACTATCAATTATTGGTGCTTTTAT...
654 aa · LXL04_038995|LXL04_038995|OH1004|PROTEIN
MGEETSKTSYKLLSGLSFKPNGQKGGFKASGFIFGLVALENMGFISNVLILFSYFMKDLSFNIPGAANTVTNFMGSTFLLSIIGAFISDTYISRFHTCLMFGVIEIVAFVIMTIQAHDTGLHPKPCGGKASCMEGGIGFMFYTSLALLALGSGGVRGALAPFGADQFDITKPKGLTAQGSYFNWLLLSTTLGATVGVTGFIYVSTNHGWWWGFLLATISSSLGYTLFLIGKPFYRIQAPKDSPLLRITRVLIQISTADVS...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_038995 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_038995 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr09:55782709-55793679 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to NPF4.6: Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.6 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006857 oligopeptide transport 生物过程 GO:0009624 response to nematode 生物过程 GO:0009860 pollen tube growth 生物过程 GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程 GO:0042938 dipeptide transport 生物过程 GO:0055085 transmembrane transport 生物过程 GO:0080168 abscisic acid transport 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G27040 ath:AT1G59740 ath:AT1G69850 ath:AT5G01180 ath:AT5G62730 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.789
内质网0.078
细胞质0.071
溶酶体／液泡0.059
线粒体0.029
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00854.28PTR295-535 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_038995 | PF00854.28 | PTR2 | 95 | 535 | 2.9e-71 | 241.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8H157 | 拟南芥 | Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.6 | 40.917% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q8VYE4 | 拟南芥 | Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.5 | 41.385% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q93VV5 | 拟南芥 | Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.3 | 39.060% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9FM20 | 拟南芥 | Protein NRT1/ PTR FAMILY 4.7 | 36.731% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9LFB8 | 拟南芥 | Protein NRT1/ PTR FAMILY 8.2 | 36.204% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |