LXL04_038975 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038975

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 55275141-55279515 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2020 bp · LXL04_038975|LXL04_038975|OH1004|cDNA

ATGCGAATTCACTCGCTACGAACTGTCTTCTGTTTTCAGGACGGAAGCAATCCAGATGAATCAATAAGCCCTAATAGCATTGCAATCAATACTTGTAAAGATGCACGAAATGTTCGGATCAGTTCGTCGATCTCTGGTTTTTCGTACTCCCGACGTCGGTGATCCAGGAACCCTAGCCGACAAAATCCATTCATGTATTCGCAAGTCTAGAGTTTTTTCCAGAACTTCCTCACTTCTACCTTCACCGCCACGGACTGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1941 bp · LXL04_038975|LXL04_038975|OH1004|CDS

TTGCAATCAATACTTGTAAAGATGCACGAAATGTTCGGATCAGTTCGTCGATCTCTGGTTTTTCGTACTCCCGACGTCGGTGATCCAGGAACCCTAGCCGACAAAATCCATTCATGTATTCGCAAGTCTAGAGTTTTTTCCAGAACTTCCTCACTTCTACCTTCACCGCCACGGACTGTAAAAGAGAATGATGAGCTAGTTCCTACTATCCGTTGGCGTAAGGGCGAATTGATTGGATGCGGGGCTTTTGGTCAAGTGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

646 aa · LXL04_038975|LXL04_038975|OH1004|PROTEIN

MQSILVKMHEMFGSVRRSLVFRTPDVGDPGTLADKIHSCIRKSRVFSRTSSLLPSPPRTVKENDELVPTIRWRKGELIGCGAFGQVYMGMNLDSGELLAVKQVSIAAHSASKEKTQAHIRELEEEVKLLKNLSHSNIVRYLGTVREEETLNILLEFVPGGSISSLLGKFGPFPEAVIRMYTKQLLLGLDYLHKNGIMHRDIKGANILVDNKGCIKLADFGASKQVVELANGSGAKSMKGTPYWMAPEVILQTGHSFSADI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038975`
TK1151 ID	TkA04G489090
OH-1004 ID	LXL04_038975
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.291 / OH-1004 98.916 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038975

位置 Chr09:55275141-55279515 (-)

描述 Similar to ANP1: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase ANP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09000`	可能参与氧化应激介导的信号级联反应，磷酸化下游 MAP 激酶 MPK3 和 MPK6。	Functional analysis of oxidative stress-activated mitogen-activated protein kinase cascade in plants.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.6.2940 An Arabidopsis mitogen-activated protein kinase kinase kinase gene family encodes essential positive regulators of cytokinesis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001164
`At1g54960`	通过调控MAP65-1等微管相关蛋白的磷酸化状态，参与皮层微管的组织和稳定。	Arabidopsis homologs of nucleus- and phragmoplast-localized kinase 2 and 3 and mitogen-activated protein kinase 4 are essential for microtubule organization.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071746
`At3g06030`	通过调控MAP65-1等微管相关蛋白的磷酸化状态，参与皮层微管的组织和稳定。	Arabidopsis homologs of nucleus- and phragmoplast-localized kinase 2 and 3 and mitogen-activated protein kinase 4 are essential for microtubule organization.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071746

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038975 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000919 cell plate assembly 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09000

ath:AT1G54960

ath:AT3G06030

ddi:DDB_G0283265

nta:107796336

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.653

排名 1 · LXL04_038975 · OH-1004

细胞核0.300

排名 2 · LXL04_038975 · OH-1004

细胞膜0.188

排名 3 · LXL04_038975 · OH-1004

高尔基体0.069

排名 4 · LXL04_038975 · OH-1004

线粒体0.054

排名 5 · LXL04_038975 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase73-335 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr75-331 aa

PF17667.8Pkinase_fungal189-262 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038975	`PF00069.32`	Pkinase	73	335	1.8e-73	247.9
LXL04_038975	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	75	331	6.1e-49	167.4
LXL04_038975	`PF17667.8`	Pkinase_fungal	189	262	1.8e-06	27.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22040`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase ANP1	55.908%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FZ36`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2	55.202%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22042`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3	53.835%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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