LXL04_038692 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038692

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 48185698-48189533 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1817 bp · LXL04_038692|LXL04_038692|OH1004|cDNA

GGCCGTGGAAATGGTTTGTTGAATGTCGAACTTCACCCGTCAAACGGTTTCCTCAATGCTCCTTCCCCCAATCCACAACGATGTTGTTGAAACCGGCCTTCAATCTCTCGCCCTCCTTGCTGAAAACCTTCTTCAACAACAAAACCCCATCCTTCTTACTCAATTGCTCCTCATACCGCTCTCGCCCCCTAAAACCCATAAACCCCATCACTCAATTCGGATTTCAGCCACGCAAACAGTCGCAACGCCTCTGCACCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1737 bp · LXL04_038692|LXL04_038692|OH1004|CDS

ATGTTGTTGAAACCGGCCTTCAATCTCTCGCCCTCCTTGCTGAAAACCTTCTTCAACAACAAAACCCCATCCTTCTTACTCAATTGCTCCTCATACCGCTCTCGCCCCCTAAAACCCATAAACCCCATCACTCAATTCGGATTTCAGCCACGCAAACAGTCGCAACGCCTCTGCACCGCCGCTGCCGCAGCAAAATCTGCGGACGAGGGAGCAACTCTGGTTAGAAAAGGACGGCGTCAAGTTAGTAGTCTACCACAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

578 aa · LXL04_038692|LXL04_038692|OH1004|PROTEIN

MLLKPAFNLSPSLLKTFFNNKTPSFLLNCSSYRSRPLKPINPITQFGFQPRKQSQRLCTAAAAAKSADEGATLVRKGRRQVSSLPQQSQMSGKAEKRARRESPSGILLSHLCRCSKENNTEEALRLYDEAVRNNVPLNVEHYNKLLYLCSSSDTNLALKRGFEIYKQMETGNNVTKVVPNEATFTTMARLAAAKEDPEMAFDLVKRMKEGCGISPRLRSYVPALSGFCKKGMADKAYEVDSYMIENGIAAEEGELAMLLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038692`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038692

位置 Chr09:48185698-48189533 (+)

描述 Similar to PRORP1: Proteinaceous RNase P 1, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32230`	核酸内切酶 RNase P 负责 tRNA 前体的 5' 成熟。	A single Arabidopsis organellar protein has RNase P activity.2010 · DOI: 10.1038/nsmb.1812 Mitochondrial ribonuclease P structure provides insight into the evolution of catalytic strategies for precursor-tRNA 5' processing.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1209062109
`At4g21900`	核酸内切酶 RNase P 负责 tRNA 前体的 5' 成熟。	暂无已核实直接文献
`At2g16650`	核酸内切酶 RNase P 负责 tRNA 前体的 5' 成熟。	Nuclear Protein-Only Ribonuclease P2 Structure and Biochemical Characterization Provide Insight into the Conserved Properties of tRNA 5' End Processing Enzymes.2016 · DOI: 10.1016/j.jmb.2015.11.025

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038692 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001682 tRNA 5'-leader removal 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0043144 sno(s)RNA processing 生物过程

GO:0090646 mitochondrial tRNA processing 生物过程

GO:0097745 mitochondrial tRNA 5'-end processing 生物过程

GO:0140040 mitochondrial polycistronic RNA processing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0030678 mitochondrial ribonuclease P complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16650

ath:AT2G32230

ath:AT4G21900

dme:Dmel_CG15896

hsa:9692

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.670

排名 1 · LXL04_038692 · OH-1004

线粒体0.284

排名 2 · LXL04_038692 · OH-1004

细胞核0.062

排名 3 · LXL04_038692 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_038692 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 5 · LXL04_038692 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long96-302 aa

PF16953.12PRORP344-570 aa

PF11977.15RNase_Zc3h12a402-505 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038692	`PF17177.11`	PPR_long	96	302	1.2e-65	221.5
LXL04_038692	`PF16953.12`	PRORP	344	570	9.9e-71	238.9
LXL04_038692	`PF11977.15`	RNase_Zc3h12a	402	505	3.8e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q66GI4`	拟南芥	Proteinaceous RNase P 1, chloroplastic/mitochondrial	59.586%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JKB6`	拟南芥	Proteinaceous RNase P 3	47.336%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q680B9`	拟南芥	Proteinaceous RNase P 2	46.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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