LXL04_038533 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038533

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 43423189-43424857 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

828 bp · LXL04_038533|LXL04_038533|OH1004|cDNA

ATGCTCATACTTCTAATATGCAGGCCAATTAAAACCACAACTATGTCTAGAAGACCAACAGGTTTATCTAGGCGATTGGGGGATGGAGCCAGCATTCCATTTATGGGATCTTTACACCCAAAATCACGCCCATCACCTTTCTTATCCATTGGACTTGTAGTAGTGGGAGCTTTTCTCATAATTGGATATCTTTACAGCAGTTCAGGTGGCAACAGTTATGATAAAGCTACTTTAACTAGACTTGAAGGTGGTGGTTCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

828 bp · LXL04_038533|LXL04_038533|OH1004|CDS

ATGCTCATACTTCTAATATGCAGGCCAATTAAAACCACAACTATGTCTAGAAGACCAACAGGTTTATCTAGGCGATTGGGGGATGGAGCCAGCATTCCATTTATGGGATCTTTACACCCAAAATCACGCCCATCACCTTTCTTATCCATTGGACTTGTAGTAGTGGGAGCTTTTCTCATAATTGGATATCTTTACAGCAGTTCAGGTGGCAACAGTTATGATAAAGCTACTTTAACTAGACTTGAAGGTGGTGGTTCATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

275 aa · LXL04_038533|LXL04_038533|OH1004|PROTEIN

MLILLICRPIKTTTMSRRPTGLSRRLGDGASIPFMGSLHPKSRPSPFLSIGLVVVGAFLIIGYLYSSSGGNSYDKATLTRLEGGGSCTSEIFQALPYLKKAYGDSMHKILHVGPDTCAVVSNLLKEEDTEAWGVEPYDLDDSDASCKSLVRRGTVRVADIKFSLPYRSKSFSLVIVSDALDYLSPKYLNKTLPELARVSSDGFIIFSGYPGQSKFKGAELAKFGRPAKLRSASWWIRFFVQSRIEENEEAVKKFELGAAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038533`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038533

位置 Chr09:43423189-43424857 (-)

描述 Similar to CGR2: Probable pectin methylesterase CGR2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49720`	与 CGR3 一起，是高尔基体中高尔基体中高尔基体中同型半乳糖醛酸果胶甲酯化所必需的，然后再整合到细胞壁中，这对于一般生长和发育至关重要。	CGR2 and CGR3 have critical overlapping roles in pectin methylesterification and plant growth in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12802 Pectin Methylesterification Impacts the Relationship between Photosynthesis and Plant Growth.2016 · DOI: 10.1104/pp.16.00173
`At5g65810`	与 CGR2 一起，是高尔基体中高尔基体中高尔基体中同型半乳糖醛酸果胶甲酯化所必需的，然后再整合到细胞壁中，这对于一般生长和发育至关重要。	CGR3: a Golgi-localized protein influencing homogalacturonan methylesterification.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssr012 CGR2 and CGR3 have critical overlapping roles in pectin methylesterification and plant growth in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12802

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038533 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010394 homogalacturonan metabolic process 生物过程

GO:0015976 carbon utilization 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0045488 pectin metabolic process 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0048639 positive regulation of developmental growth 生物过程

GO:0051512 positive regulation of unidimensional cell growth 生物过程

GO:1903942 positive regulation of respiratory gaseous exchange 生物过程

GO:1905157 positive regulation of photosynthesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49720

ath:AT5G65810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.710

排名 1 · LXL04_038533 · OH-1004

内质网0.096

排名 2 · LXL04_038533 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 3 · LXL04_038533 · OH-1004

细胞核0.055

排名 4 · LXL04_038533 · OH-1004

细胞质0.045

排名 5 · LXL04_038533 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2Y6`	拟南芥	Probable pectin methylesterase CGR2	66.409%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WPN7`	拟南芥	Probable pectin methylesterase CGR3	65.251%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情