LXL04_038530 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038530

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 43349400-43361161 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4170 bp · LXL04_038530|LXL04_038530|OH1004|cDNA

ATGGTTAAAACAGTACCATTTGACAACACAAGCTGGGCTTTACCAAAGCCTGCAACCAGGGTCGACGTGCCCGAAATGgttgtcaatgaagttactttaggCCCAAAAAATCGGAAAAACCAACCAAAAGTCGAAGAAGCCACCGGCGTGGCCAGGCCGCTAGACTTTGCCGCTGGAGAATGTCATTCCGCCACCGACGTCAGCGTTATGGAATCATTTAAACTCTCATTTACACTAGCTTGTTTATTAACATTAGCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

4170 bp · LXL04_038530|LXL04_038530|OH1004|CDS

ATGGTTAAAACAGTACCATTTGACAACACAAGCTGGGCTTTACCAAAGCCTGCAACCAGGGTCGACGTGCCCGAAATGGTTGTCAATGAAGTTACTTTAGGCCCAAAAAATCGGAAAAACCAACCAAAAGTCGAAGAAGCCACCGGCGTGGCCAGGCCGCTAGACTTTGCCGCTGGAGAATGTCATTCCGCCACCGACGTCAGCGTTATGGAATCATTTAAACTCTCATTTACACTAGCTTGTTTATTAACATTAGCATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1389 aa · LXL04_038530|LXL04_038530|OH1004|PROTEIN

MVKTVPFDNTSWALPKPATRVDVPEMVVNEVTLGPKNRKNQPKVEEATGVARPLDFAAGECHSATDVSVMESFKLSFTLACLLTLACFHTLNAQNSQQDYLDAHNAARAQVGVENITWNATVAAYAENYANQRIEDCNLIHSDGPYGENLAAGSGDFTGTAAVNLWVAEKTHYDHDTNSCASGEVCGHYTQVVWRNSSQLGCARVQCTNNGFWFIICSYYPRGNIIGQSPFSELDSIMGSLKLSYTLVCFVTLATLHTIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038530`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_038530`
位置	Chr09:43349400-43361161 (-)
描述	Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038530` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程 GO:0098542 defense response to other organism 生物过程 GO:0005615 extracellular space 细胞组分 GO:0005773 vacuole 细胞组分 GO:0042575 DNA polymerase complex 细胞组分 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	nta:107763263 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.514

排名 1 · LXL04_038530 · OH-1004

细胞核0.240

排名 2 · LXL04_038530 · OH-1004

线粒体0.097

排名 3 · LXL04_038530 · OH-1004

内质网0.086

排名 4 · LXL04_038530 · OH-1004

过氧化物酶体0.079

排名 5 · LXL04_038530 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00188.33CAP101-219 aa

PF22936.2Pol_BBD716-789 aa

PF13976.12gag_pre-integrs816-881 aa

PF00665.33rve897-996 aa

PF25597.2SH3_retrovirus1074-1127 aa

PF07727.20RVT_21280-1386 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038530	`PF00188.33`	CAP	101	219	2.1e-23	84.1
LXL04_038530	`PF22936.2`	Pol_BBD	716	789	1.7e-13	51.4
LXL04_038530	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	816	881	3e-13	50.0
LXL04_038530	`PF00665.33`	rve	897	996	4.1e-12	47.0
LXL04_038530	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	1074	1127	1.7e-21	76.5
LXL04_038530	`PF07727.20`	RVT_2	1280	1386	1.4e-32	114.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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