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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_038239
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 34920322-34923985 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1650 bp · LXL04_038239|LXL04_038239|OH1004|cDNA

ATGAGTGCCAGAATGTCTGGACCTATTGTCGGTTTACAAAAAACCGACATTGAATACTCCGAGGAAAAGAAATATAAGCTTTCCTTCAAGCAAAGGGCAATAATTGCCTCCAACAAATTAAGAACTTCATTCGGGAGGAAAAGCAGGAAGAATGGGAAACCGGTGTCTGTTGTTGAACATGTTCATGATGCAGATGAACTAAAAATAGTCGATGCTTTTCGCCAAGCTTTGATCTTGGAAGAATTACTACCCACAAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1650 bp · LXL04_038239|LXL04_038239|OH1004|CDS

ATGAGTGCCAGAATGTCTGGACCTATTGTCGGTTTACAAAAAACCGACATTGAATACTCCGAGGAAAAGAAATATAAGCTTTCCTTCAAGCAAAGGGCAATAATTGCCTCCAACAAATTAAGAACTTCATTCGGGAGGAAAAGCAGGAAGAATGGGAAACCGGTGTCTGTTGTTGAACATGTTCATGATGCAGATGAACTAAAAATAGTCGATGCTTTTCGCCAAGCTTTGATCTTGGAAGAATTACTACCCACAAAACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

549 aa · LXL04_038239|LXL04_038239|OH1004|PROTEIN

MSARMSGPIVGLQKTDIEYSEEKKYKLSFKQRAIIASNKLRTSFGRKSRKNGKPVSVVEHVHDADELKIVDAFRQALILEELLPTKHDDYHMMLRFLKARKFDIEKTKQMWADMIRWRKDYGTDTIIEDFDFAEKEEVVKYYPQGHHGVDKEGRPVYIEQLGKVDATKLLQVTTLERYVKYHVKEFERTFVDKFPACSIAAKRHIDQSTTILDVQGVGLKNMNKNARELIQCLQNIDGNNYPETLCRMYIVNAGSGFRLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_038239
TK1151 IDTkA04G408490
OH-1004 IDLXL04_038239
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)95.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_038239
位置Chr09:34920322-34923985 (-)
描述Similar to SFH3: Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g21540 对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。
Identification of two phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein genes that are predominately transcribed in the flowers of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.jplph.2006.03.014
At4g36490 对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。
Identification of two phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein genes that are predominately transcribed in the flowers of Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.jplph.2006.03.014
At2g18180 对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。 暂无已核实直接文献
At4g34580 对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。
The Arabidopsis COW1 gene encodes a phosphatidylinositol transfer protein essential for root hair tip growth.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02245.x
OsSNDP1, a Sec14-nodulin domain-containing protein, plays a critical role in root hair elongation in rice.2013 · DOI: 10.1007/s11103-013-0033-4
The COW1 locus of arabidopsis acts after RHD2, and in parallel with RHD3 and TIP1, to determine the shape, rate of elongation, and number of root hairs produced from each site of hair formation.1997 · DOI: 10.1104/pp.115.3.981
At4g39180 对高尔基复合体分泌蛋白的运输是必需的（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038239 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006656 phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程
GO:0006892 post-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009932 cell tip growth 生物过程
GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0048767 root hair elongation 生物过程
GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18180
ath:AT2G21540
ath:AT4G34580
ath:AT4G36490
ath:AT4G39180
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.312
排名 1 · LXL04_038239 · OH-1004
内质网0.267
排名 2 · LXL04_038239 · OH-1004
细胞质0.206
排名 3 · LXL04_038239 · OH-1004
高尔基体0.177
排名 4 · LXL04_038239 · OH-1004
细胞核0.098
排名 5 · LXL04_038239 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03765.22CRAL_TRIO_N87-113 aa
PF00650.26CRAL_TRIO141-302 aa
PF13716.12CRAL_TRIO_2214-304 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_038239PF03765.22CRAL_TRIO_N871139e-0626.5
LXL04_038239PF00650.26CRAL_TRIO1413021.3e-30107.0
LXL04_038239PF13716.12CRAL_TRIO_22143041.8e-0629.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93ZE9拟南芥Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH357.885%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94A34拟南芥Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH1257.559%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SI13拟南芥Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH1056.261%Swiss-Prot强数据库同源证据
F4JLE5拟南芥Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH155.415%Swiss-Prot强数据库同源证据
F4JVA9拟南芥Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH254.128%Swiss-Prot强数据库同源证据

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