LXL04_038122 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038122

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 31727207-31729034 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1329 bp · LXL04_038122|LXL04_038122|OH1004|cDNA

ATGTGGGATGGAGCTGGGTCTATCATATATACCCGACGAGGTCGATACGTGAACTCTCACGCAAGAAAACCAAAAATGGAAGAAACTCCGACAACCAACATCGGCGGAGACGCCCATCAGGAAATGATCGCAGCATTCTCAGAGATAACTTCTGCTTCCAAAGAAGAAGCCTCATTCTTCCTCGAATCGCACAACTTCGATCTCGATTCCGCCATCTCCACCTTCTTCGAAAACGCTGCTGTCGCAGAAGAGGCTCCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1329 bp · LXL04_038122|LXL04_038122|OH1004|CDS

ATGTGGGATGGAGCTGGGTCTATCATATATACCCGACGAGGTCGATACGTGAACTCTCACGCAAGAAAACCAAAAATGGAAGAAACTCCGACAACCAACATCGGCGGAGACGCCCATCAGGAAATGATCGCAGCATTCTCAGAGATAACTTCTGCTTCCAAAGAAGAAGCCTCATTCTTCCTCGAATCGCACAACTTCGATCTCGATTCCGCCATCTCCACCTTCTTCGAAAACGCTGCTGTCGCAGAAGAGGCTCCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

442 aa · LXL04_038122|LXL04_038122|OH1004|PROTEIN

MWDGAGSIIYTRRGRYVNSHARKPKMEETPTTNIGGDAHQEMIAAFSEITSASKEEASFFLESHNFDLDSAISTFFENAAVAEEAPIAALPARNPNRPSDTHSPSFSPSSSPSRSRSASPPPSLGLQQMAGGNPYNLRSRNPATDKKPSGSRSTGRIRTFADLNRPDDDSGSDSDEPQEYYTGGEKSGMLVQDPTRANDVESLFNQARQAGAEEGTLEQLQPSSSTRSFAGRGRLLSGETTSATPQQSEPDVHTHTITFW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038122`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038122

位置 Chr09:31727207-31729034 (+)

描述 Similar to PUX5: Plant UBX domain-containing protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15410`	含UBX结构域的植物蛋白5。	暂无已核实直接文献
`At4g04210`	含UBX结构域的植物蛋白4。	暂无已核实直接文献
`At4g22150`	含UBX结构域的植物蛋白3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000132 establishment of mitotic spindle orientation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0046604 positive regulation of mitotic centrosome separation 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:1904780 negative regulation of protein localization to centrosome 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G04210

ath:AT4G15410

ath:AT4G22150

hsa:55968

pon:100172420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.743

排名 1 · LXL04_038122 · OH-1004

细胞核0.508

排名 2 · LXL04_038122 · OH-1004

内质网0.059

排名 3 · LXL04_038122 · OH-1004

细胞膜0.046

排名 4 · LXL04_038122 · OH-1004

线粒体0.044

排名 5 · LXL04_038122 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22566.3UBA_839-81 aa

PF14555.13UBA_440-79 aa

PF08059.19SEP257-330 aa

PF00789.27UBX367-441 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038122	`PF22566.3`	UBA_8	39	81	1.4e-06	28.8
LXL04_038122	`PF14555.13`	UBA_4	40	79	1.4e-12	47.9
LXL04_038122	`PF08059.19`	SEP	257	330	3.6e-24	85.9
LXL04_038122	`PF00789.27`	UBX	367	441	4.4e-16	59.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7Y175`	拟南芥	Plant UBX domain-containing protein 5	51.991%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RWU7`	拟南芥	Plant UBX domain-containing protein 4	62.745%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUG6`	拟南芥	Plant UBX domain-containing protein 3	59.801%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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