LXL04_037498 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037498

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 12291431-12293480 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1965 bp · LXL04_037498|LXL04_037498|OH1004|cDNA

ATGATCACATTCCCATGGAAACCATGGCTTCTCCTGTTTCTTTTCCACGTATGTAAAGCTCAAGACAATGGAGAAACTCCAGTCACGTTACCGAAGGACGCCGACACCTGTAACGGAATCTTCTTACAATACAACTTCGATTCACGACAGAAAGAATACCCGCATCTGAAGAACGCCACCGCACAATCATGGGCGTTCAAGTCGCAGTTAAACGTCATCAACACCGGGGCCACCGAGCTGAAAACATGGCAGGCGTTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1965 bp · LXL04_037498|LXL04_037498|OH1004|CDS

ATGATCACATTCCCATGGAAACCATGGCTTCTCCTGTTTCTTTTCCACGTATGTAAAGCTCAAGACAATGGAGAAACTCCAGTCACGTTACCGAAGGACGCCGACACCTGTAACGGAATCTTCTTACAATACAACTTCGATTCACGACAGAAAGAATACCCGCATCTGAAGAACGCCACCGCACAATCATGGGCGTTCAAGTCGCAGTTAAACGTCATCAACACCGGGGCCACCGAGCTGAAAACATGGCAGGCGTTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

654 aa · LXL04_037498|LXL04_037498|OH1004|PROTEIN

MITFPWKPWLLLFLFHVCKAQDNGETPVTLPKDADTCNGIFLQYNFDSRQKEYPHLKNATAQSWAFKSQLNVINTGATELKTWQAFIGFQHREILVSVDGATILNGDSFPTKVGKNGTHLTGYPQADLRTAIDTAGDLGQMAAKVKIKGTMFGVRVGGNVMPTSIKLENEGFKCPKATTKGRQSMHVCCTKDPKFKPKKKLLKFFPRRRADLSFTYDVIQSFAGNYMAQVTIDNNHPLGRLDHWNLTFEWMRNEFIYDMR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037498`
TK1151 ID	TkA04G314210
OH-1004 ID	LXL04_037498
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.542 / OH-1004 99.694 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037498

位置 Chr09:12291431-12293480 (-)

描述 Similar to COBL10: COBRA-like protein 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20580`	参与花粉管中顶端果胶帽和纤维素微纤维的沉积。	Arabidopsis COBRA-LIKE 10, a GPI-anchored protein, mediates directional growth of pollen tubes.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12139
`At4g27110`	参与花粉管顶端果胶帽和纤维素微纤维的沉积。	暂无已核实直接文献
`At4g16120`	类 COBRA 蛋白 7。	暂无已核实直接文献
`At3g16860`	类眼镜蛇样蛋白 8。	暂无已核实直接文献
`At5g49270`	COBRA 样蛋白 9。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037498 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009932 cell tip growth 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程

GO:0052324 plant-type cell wall cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16860

ath:AT3G20580

ath:AT4G16120

ath:AT4G27110

ath:AT5G49270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.589

排名 1 · LXL04_037498 · OH-1004

细胞外0.247

排名 2 · LXL04_037498 · OH-1004

内质网0.103

排名 3 · LXL04_037498 · OH-1004

细胞质0.070

排名 4 · LXL04_037498 · OH-1004

高尔基体0.068

排名 5 · LXL04_037498 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04833.21COBRA_N226-405 aa

PF25079.2COB_C413-623 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037498	`PF04833.21`	COBRA_N	226	405	7.4e-61	205.6
LXL04_037498	`PF25079.2`	COB_C	413	623	2.1e-99	332.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJU0`	拟南芥	COBRA-like protein 10	59.935%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T045`	拟南芥	COBRA-like protein 11	56.522%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GZ17`	拟南芥	COBRA-like protein 7	51.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LIB6`	拟南芥	COBRA-like protein 8	48.903%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJ13`	拟南芥	COBRA-like protein 9	49.918%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情