LXL04_037417 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037417

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 10417890-10418288 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

399 bp · LXL04_037417|LXL04_037417|OH1004|cDNA

ATGGAGGAAATGAAGGGTCTCGAGGTTCTCCTCGATGGCTCTGTAAACGTAAAGCAACTTGCATTCAAAGCGAATAGGTTAAATGCCGAGTGCATGAAAGAATTATCGAAGATATTGAGGAAAAATGAAACGATTAAAGAGGTTATTTTGTCTGAATCGAGAATTGGTTCACTTGGAGCTACACTCATTGCTTCAGCTTTGAAGGTGAACTCATGTTTAGAAGAATTGCATATATGGGAAGATGCAGTCGGATCAAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

399 bp · LXL04_037417|LXL04_037417|OH1004|CDS

ATGGAGGAAATGAAGGGTCTCGAGGTTCTCCTCGATGGCTCTGTAAACGTAAAGCAACTTGCATTCAAAGCGAATAGGTTAAATGCCGAGTGCATGAAAGAATTATCGAAGATATTGAGGAAAAATGAAACGATTAAAGAGGTTATTTTGTCTGAATCGAGAATTGGTTCACTTGGAGCTACACTCATTGCTTCAGCTTTGAAGGTGAACTCATGTTTAGAAGAATTGCATATATGGGAAGATGCAGTCGGATCAAAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

132 aa · LXL04_037417|LXL04_037417|OH1004|PROTEIN

MEEMKGLEVLLDGSVNVKQLAFKANRLNAECMKELSKILRKNETIKEVILSESRIGSLGATLIASALKVNSCLEELHIWEDAVGSKGAEELSKMIEANSTLKLLIIFDSSSITATPLNLFRRWKITNKPLTH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037417`
TK1151 ID	TkA04G304290
OH-1004 ID	LXL04_037417
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037417

位置 Chr09:10417890-10418288 (-)

描述 Similar to TRN1: Protein TORNADO 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55540`	参与调节生长和器官组织的生长素的基叶运输。	LOP1: a gene involved in auxin transport and vascular patterning in Arabidopsis.1996 · DOI: 10.1242/dev.122.6.1811

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037417 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001659 temperature homeostasis 生物过程

GO:0002221 pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0002253 activation of immune response 生物过程

GO:0002606 positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation 生物过程

GO:0002720 positive regulation of cytokine production involved in immune response 生物过程

GO:0002830 positive regulation of type 2 immune response 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006963 positive regulation of antibacterial peptide biosynthetic process 生物过程

GO:0006965 positive regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-positive bacteria 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007249 canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G55540

mmu:268857

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.591

排名 1 · LXL04_037417 · OH-1004

细胞质0.446

排名 2 · LXL04_037417 · OH-1004

线粒体0.056

排名 3 · LXL04_037417 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 4 · LXL04_037417 · OH-1004

内质网0.021

排名 5 · LXL04_037417 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27087.1LRR_TMOD-LMOD11-102 aa

PF29255.1LRR_NLRC317-106 aa

PF29265.1LRR_CARMIL30-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037417	`PF27087.1`	LRR_TMOD-LMOD	11	102	1.4e-08	35.2
LXL04_037417	`PF29255.1`	LRR_NLRC3	17	106	5.7e-13	49.0
LXL04_037417	`PF29265.1`	LRR_CARMIL	30	117	3.3e-08	33.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ57`	拟南芥	Protein TORNADO 1	62.264%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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