LXL04_037264 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037264

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 4712541-4713944 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1074 bp · LXL04_037264|LXL04_037264|OH1004|cDNA

ATGTCAGCCTTCGTCGGAAAGTACGCCGATGAGTTAATCAAGAATGCCAAGTACATCGCCACACCGGGGAAGGGTATATTGGCGGCGGATGAAAGCACCGGAACCATCGGAAAACGTCTCTCGAGCATCAACGTCGAAAACGTCGAGTCAAACCGCCAAGCTCTTCGTGAACTCCTCTTCACAGCTCCGAACGCAGTGACTTACCTCTCCGGCGTCATTCTCTTCGAAGAAACTCTTTACCAGAAGACCGCCGACGGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1074 bp · LXL04_037264|LXL04_037264|OH1004|CDS

ATGTCAGCCTTCGTCGGAAAGTACGCCGATGAGTTAATCAAGAATGCCAAGTACATCGCCACACCGGGGAAGGGTATATTGGCGGCGGATGAAAGCACCGGAACCATCGGAAAACGTCTCTCGAGCATCAACGTCGAAAACGTCGAGTCAAACCGCCAAGCTCTTCGTGAACTCCTCTTCACAGCTCCGAACGCAGTGACTTACCTCTCCGGCGTCATTCTCTTCGAAGAAACTCTTTACCAGAAGACCGCCGACGGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

357 aa · LXL04_037264|LXL04_037264|OH1004|PROTEIN

MSAFVGKYADELIKNAKYIATPGKGILAADESTGTIGKRLSSINVENVESNRQALRELLFTAPNAVTYLSGVILFEETLYQKTADGKPFVDVLLEANVLPGIKVDKGVVDLSGTNGETTTQGLDGLGARCAKYYEAGARFAKWRAVLKIGATEPSELSIQQNAQGLARYAIICQENGLVPIVEPEILTDGSHDIKKCAYATEMVLAAVYKALNEQHVLLEGTLLKPNMVTPGSDSPKVAPEVIAEYTVTALRRTVPAAVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037264`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037264

位置 Chr09:4712541-4713944 (-)

描述 Similar to FBA5: Fructose-bisphosphate aldolase 5, cytosolic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26530`	果糖-1,6-二磷酸醛缩酶，在糖酵解和糖异生中起关键作用。	暂无已核实直接文献
`At4g26520`	在糖酵解和糖异生中起关键作用。	暂无已核实直接文献
`At2g36460`	果糖二磷酸醛缩酶，在糖酵解和糖异生中发挥关键作用。	Regulation of plant cytosolic aldolase functions by redox-modifications.2011 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2011.06.009 Transfer of a Redox-Signal through the Cytosol by Redox-Dependent Microcompartmentation of Glycolytic Enzymes at Mitochondria and Actin Cytoskeleton.2012 · DOI: 10.3389/fpls.2012.00284

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0905800`	果糖-1,6-二磷酸醛缩酶，在糖酵解和糖异生中起关键作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037264 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006094 gluconeogenesis 生物过程

GO:0006096 glycolytic process 生物过程

GO:0030388 fructose 1,6-bisphosphate metabolic process 生物过程

GO:0031930 mitochondria-nucleus signaling pathway 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36460

ath:AT4G26520

ath:AT4G26530

dosa:Os01g0905800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.819

排名 1 · LXL04_037264 · OH-1004

细胞核0.278

排名 2 · LXL04_037264 · OH-1004

线粒体0.085

排名 3 · LXL04_037264 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 4 · LXL04_037264 · OH-1004

内质网0.057

排名 5 · LXL04_037264 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00274.26Glycolytic11-357 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037264	`PF00274.26`	Glycolytic	11	357	2e-174	580.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65581`	拟南芥	Fructose-bisphosphate aldolase 5, cytosolic	85.475%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P22197`	拟南芥	Fructose-bisphosphate aldolase 7, cytosolic	79.609%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJQ9`	拟南芥	Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic	78.771%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N725`	水稻	Fructose-bisphosphate aldolase 3, cytoplasmic	79.330%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情