LXL04_037238 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037238

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 3860795-3862912 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1036 bp · LXL04_037238|LXL04_037238|OH1004|cDNA

ATGAACCGAACCCTAACGAAATCATTCCAAATCCCAGCTGGATCCATGACTGTTTTCACCTTAACCTCATTGCTAACCACAATCGTCTTCTACGATCGTGTGTTCGTGCCCATCGCACGTAAACTCACAAGGCTAGAACGGGGAATTTCGTTTCTTACCAGAATGGGAATCGGGTTTTGCATATCGGTTCTCGCCACATTGGTCGCCAGATTCATTGAAAGAAAGCGCAAGAAGGCCGCGTTTGACAATAATCTGATAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

984 bp · LXL04_037238|LXL04_037238|OH1004|CDS

ATGAACCGAACCCTAACGAAATCATTCCAAATCCCAGCTGGATCCATGACTGTTTTCACCTTAACCTCATTGCTAACCACAATCGTCTTCTACGATCGTGTGTTCGTGCCCATCGCACGTAAACTCACAAGGCTAGAACGGGGAATTTCGTTTCTTACCAGAATGGGAATCGGGTTTTGCATATCGGTTCTCGCCACATTGGTCGCCAGATTCATTGAAAGAAAGCGCAAGAAGGCCGCGTTTGACAATAATCTGATAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

327 aa · LXL04_037238|LXL04_037238|OH1004|PROTEIN

MNRTLTKSFQIPAGSMTVFTLTSLLTTIVFYDRVFVPIARKLTRLERGISFLTRMGIGFCISVLATLVARFIERKRKKAAFDNNLIDKPHETIPITAPESMRSTAIGVFWMAIADGNYFSTLMVTMVHKLMCFGWRFHDDYLLKPVNRRNLTTADSSSMKIAIFVLLVLCCISICFSSPVSVSDGVFAAEASIGRNLLQAKKPCPVNFEFMNYTIITSRCKGPRYPANLCCQAFKDFACPYSQDLNDLENECSSTMFSYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037238`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037238

位置 Chr09:3860795-3862912 (-)

描述 Similar to NPF3.1: Protein NRT1/ PTR FAMILY 3.1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g68570`	可能充当外排型亚硝酸盐转运蛋白。	A nitrite transporter associated with nitrite uptake by higher plant chloroplasts.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm073
`At5g56170`	FER 调节的 Rho GTPase 信号复合物的组成部分。	Glycosylphosphatidylinositol-anchored proteins as chaperones and co-receptors for FERONIA receptor kinase signaling in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.7554/elife.06587
`At4g26466`	对受精所需信号通路的雌配子体特异性组分。	暂无已核实直接文献
`At4g28280`	GPI 锚定蛋白 LLG3。	暂无已核实直接文献
`At2g20700`	GPI 锚定蛋白 LLG2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037238 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010198 synergid death 生物过程

GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0045927 positive regulation of growth 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0072659 protein localization to plasma membrane 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程

GO:1903428 positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68570

ath:AT2G20700

ath:AT4G26466

ath:AT4G28280

ath:AT5G56170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.674

排名 1 · LXL04_037238 · OH-1004

溶酶体／液泡0.128

排名 2 · LXL04_037238 · OH-1004

内质网0.116

排名 3 · LXL04_037238 · OH-1004

细胞质0.079

排名 4 · LXL04_037238 · OH-1004

高尔基体0.039

排名 5 · LXL04_037238 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00854.28PTR21-80 aa

PF26578.1LLG1206-282 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037238	`PF00854.28`	PTR2	1	80	6.1e-15	55.7
LXL04_037238	`PF26578.1`	LLG1	206	282	5e-38	129.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SX20`	拟南芥	Protein NRT1/ PTR FAMILY 3.1	56.962%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKT1`	拟南芥	GPI-anchored protein LLG1	57.823%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B3GS44`	拟南芥	GPI-anchored protein LORELEI	59.223%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M0I0`	拟南芥	GPI-anchored protein LLG3	53.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NLF4`	拟南芥	GPI-anchored protein LLG2	59.813%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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