LXL04_037219 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037219

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 3147857-3151609 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1470 bp · LXL04_037219|LXL04_037219|OH1004|cDNA

ATGGGTGCCTGTTATTCCACCGCCGGCAACGGCCGGAGAGACAGAGAAGACGGTGGCGGCGGTAGTAAGGGCAATCGTAAATCCACTGATTTCAAGTTCAAGCTTGGTGGCGGCGGCGGCCGCCGAAGGAGTGCTGCGGCGGAGGAACGCGCCCTCCACCAGGTTCCCGGTAGGCTTTTCGGCAATGGGTCTTGCAGTATCGCTAGTTTATACACGCAACAGGGCAAGAAAGGGACGAATCAAGACGCCATGATCGTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1470 bp · LXL04_037219|LXL04_037219|OH1004|CDS

ATGGGTGCCTGTTATTCCACCGCCGGCAACGGCCGGAGAGACAGAGAAGACGGTGGCGGCGGTAGTAAGGGCAATCGTAAATCCACTGATTTCAAGTTCAAGCTTGGTGGCGGCGGCGGCCGCCGAAGGAGTGCTGCGGCGGAGGAACGCGCCCTCCACCAGGTTCCCGGTAGGCTTTTCGGCAATGGGTCTTGCAGTATCGCTAGTTTATACACGCAACAGGGCAAGAAAGGGACGAATCAAGACGCCATGATCGTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

489 aa · LXL04_037219|LXL04_037219|OH1004|PROTEIN

MGACYSTAGNGRRDREDGGGGSKGNRKSTDFKFKLGGGGGRRRSAAAEERALHQVPGRLFGNGSCSIASLYTQQGKKGTNQDAMIVWENFNSTNDAVFCGVFDGHGPYGHMVARKVRDSLPVLLSTNWTTSSDNNNDNNNNVNGSLHEEEEEEEEEEKENWCEELEVGEKEKEQVPEKYFPLKKSILKAFSLMDMELKTHPSIDCFCSGSTAVALVKQGQDLIIGNLGDSRAVMASKDDNNGLVAVQLTVDLKPNLPREA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037219`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037219

位置 Chr09:3147857-3151609 (+)

描述 Similar to At1g16220: Probable protein phosphatase 2C 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16220`	可能的蛋白磷酸酶 2C 6。	暂无已核实直接文献
`At1g79630`	可能的蛋白磷酸酶2C 18。	暂无已核实直接文献
`At3g02750`	可能的蛋白磷酸酶2C 33。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0500300`	可能的蛋白质磷酸酶2C 66。	暂无已核实直接文献
`Os02g0471500`	可能的蛋白磷酸酶2C 14。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037219 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:1902531 regulation of intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16220

ath:AT1G79630

ath:AT3G02750

dosa:Os02g0471500

dosa:Os08g0500300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.369

排名 1 · LXL04_037219 · OH-1004

细胞膜0.364

排名 2 · LXL04_037219 · OH-1004

细胞核0.329

排名 3 · LXL04_037219 · OH-1004

内质网0.078

排名 4 · LXL04_037219 · OH-1004

高尔基体0.057

排名 5 · LXL04_037219 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00481.27PP2C134-363 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037219	`PF00481.27`	PP2C	134	363	6.9e-43	147.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SA22`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 6	60.579%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RXZ4`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 18	54.420%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M8R7`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 33	54.148%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZKL8`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 66	60.127%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6K6N7`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 14	49.782%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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