LXL04_036930 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036930

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 50261759-50262283 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

447 bp · LXL04_036930|LXL04_036930|OH1004|cDNA

CGTTTGTTTGATTATATGTAAATACAGGTCGAAAAAATGGCCGGAAAGGGCGGTAAGGGGCTATTGGCCGGGAAAACACCAGCGACCACAGCTAACAAGGACAAAGATAAGAAGCGACCGACTTCCCGATCTGCTAGAGCTGGCCTCCAGTTTCCGGTAGGGAGAATTCACCGCCATTTAAAAACACGAACCTCTGCAAACGGACGTGTTGGAGCCACCGCCGCCGTCTACTCTGCCGCTATTCTCGAGTACTTAACGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

411 bp · LXL04_036930|LXL04_036930|OH1004|CDS

ATGGCCGGAAAGGGCGGTAAGGGGCTATTGGCCGGGAAAACACCAGCGACCACAGCTAACAAGGACAAAGATAAGAAGCGACCGACTTCCCGATCTGCTAGAGCTGGCCTCCAGTTTCCGGTAGGGAGAATTCACCGCCATTTAAAAACACGAACCTCTGCAAACGGACGTGTTGGAGCCACCGCCGCCGTCTACTCTGCCGCTATTCTCGAGTACTTAACGGCTGAAGTTCTCGAGCTAGCCGGAAACGCAAGTAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

136 aa · LXL04_036930|LXL04_036930|OH1004|PROTEIN

MAGKGGKGLLAGKTPATTANKDKDKKRPTSRSARAGLQFPVGRIHRHLKTRTSANGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDTLIKGTIAGGGVIPHIHKSLINKTTKE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036930`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036930

位置 Chr08:50261759-50262283 (+)

描述 Similar to Os03g0743400: Probable histone H2A variant 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54560`	H2A变异组蛋白，可能在一部分核小体中替代常规H2A。	暂无已核实直接文献
`At2g38810`	变体组蛋白H2A在整个细胞周期中合成，与经典的S期调控H2A差异很大。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0743400`	变体组蛋白H2A在整个细胞周期中合成，与经典的S期调控H2A差异很大。	暂无已核实直接文献
`Os03g0162200`	变体组蛋白H2A在整个细胞周期中合成，与经典的S期调控H2A差异很大。	暂无已核实直接文献
`Os10g0418000`	变体组蛋白H2A在整个细胞周期中合成，与经典的S期调控H2A差异很大。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036930 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0016048 detection of temperature stimulus 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0000786 nucleosome 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0030527 structural constituent of chromatin 分子功能

GO:0046982 protein heterodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38810

ath:AT3G54560

dosa:Os03g0162200

dosa:Os03g0743400

dosa:Os10g0418000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · LXL04_036930 · OH-1004

细胞质0.068

排名 2 · LXL04_036930 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 3 · LXL04_036930 · OH-1004

细胞外0.012

排名 4 · LXL04_036930 · OH-1004

内质网0.007

排名 5 · LXL04_036930 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00125.31Histone20-104 aa

PF16211.11Histone_H2A_C106-135 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036930	`PF00125.31`	Histone	20	104	6.6e-20	72.0
LXL04_036930	`PF16211.11`	Histone_H2A_C	106	135	4.1e-11	43.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23628`	拟南芥	Histone H2A variant 1	88.971%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SII0`	拟南芥	Probable histone H2A variant 2	85.294%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84MP7`	水稻	Probable histone H2A variant 3	88.321%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H7Y8`	水稻	Probable histone H2A variant 1	84.783%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S857`	水稻	Probable histone H2A variant 2	87.050%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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