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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_036790
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 48339894-48347315 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2316 bp · LXL04_036790|LXL04_036790|OH1004|cDNA

ATGGTGGATCCTGCTGCATGTTGCTCCACCCATCTCATTGATGGAGATGGTACATTTGATGCAACAGGACTTGACAAGTTCATGAAGGAAGTAAAACTCAATGAATGTGGGCTTTCTTATGCGGTTGTCTCTATCATGGGCCCACAAAGTAGCGGGAAGAGCACACTTTTAAATTATCTGTTTCATACCAACTTCAGGGAAATGGATGCATTTAAGGGAAGGTCTCAAACCACTAAAGGTATTTGGATGGCTAGATGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2316 bp · LXL04_036790|LXL04_036790|OH1004|CDS

ATGGTGGATCCTGCTGCATGTTGCTCCACCCATCTCATTGATGGAGATGGTACATTTGATGCAACAGGACTTGACAAGTTCATGAAGGAAGTAAAACTCAATGAATGTGGGCTTTCTTATGCGGTTGTCTCTATCATGGGCCCACAAAGTAGCGGGAAGAGCACACTTTTAAATTATCTGTTTCATACCAACTTCAGGGAAATGGATGCATTTAAGGGAAGGTCTCAAACCACTAAAGGTATTTGGATGGCTAGATGTGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

771 aa · LXL04_036790|LXL04_036790|OH1004|PROTEIN

MVDPAACCSTHLIDGDGTFDATGLDKFMKEVKLNECGLSYAVVSIMGPQSSGKSTLLNYLFHTNFREMDAFKGRSQTTKGIWMARCAGIEPCTIVMDLEGTDGRERGEDDTAFEKQSALFALAVSDIVLINMWCHDIGREHAANKPLLKTVFQVMMRLFSPRKTTLIFVIRDKTRTPLENLEPVLREDIQKIWDSVPKPEAHKETPLSTFFNIEVVALSSFEEKEEQFKEQVANLRQRFYHSIAPGGLAGDRQGVVPASG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_036790
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_036790
位置Chr08:48339894-48347315 (-)
描述Similar to RHD3: Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g72960 可能的GTP结合蛋白，可能参与细胞发育。 暂无已核实直接文献
At3g13870 可能参与细胞壁扩张的 GTP 结合蛋白。
Regulation of the cell expansion gene RHD3 during Arabidopsis development.2002 · DOI: 10.1104/pp.002675
The Arabidopsis RHD3 gene is required for cell wall biosynthesis and actin organization.2003 · DOI: 10.1007/s00425-003-1067-7
A GFP-based assay reveals a role for RHD3 in transport between the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01969.x
Loss-of-function mutations of ROOT HAIR DEFECTIVE3 suppress root waving, skewing, and epidermal cell file rotation in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.059774
Growth and ultrastructure of Arabidopsis root hairs: the rhd3 mutation alters vacuole enlargement and tip growth.1997 · DOI: 10.1007/bf01007706
The ROOT HAIR DEFECTIVE3 gene encodes an evolutionarily conserved protein with GTP-binding motifs and is required for regulated cell enlargement in Arabidopsis.1997 · DOI: 10.1101/gad.11.6.799
At5g45160 可能的GTP结合蛋白，可能参与细胞发育。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0575000 可能的GTP结合蛋白，可能参与细胞发育。 暂无已核实直接文献
Os12g0604600 可能的GTP结合蛋白，可能参与细胞发育。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程
GO:0009932 cell tip growth 生物过程
GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程
GO:0016320 endoplasmic reticulum membrane fusion 生物过程
GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G72960
ath:AT3G13870
ath:AT5G45160
dosa:Os01g0575000
dosa:Os12g0604600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.457
排名 1 · LXL04_036790 · OH-1004
高尔基体0.257
排名 2 · LXL04_036790 · OH-1004
细胞质0.257
排名 3 · LXL04_036790 · OH-1004
细胞膜0.190
排名 4 · LXL04_036790 · OH-1004
细胞核0.128
排名 5 · LXL04_036790 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25683.2URGCP_GTPase24-164 aa
PF05879.19RHD3_GTPase46-281 aa
PF20428.4Sey1_3HB323-757 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_036790PF25683.2URGCP_GTPase241649.6e-0831.9
LXL04_036790PF05879.19RHD3_GTPase462813.4e-115384.3
LXL04_036790PF20428.4Sey1_3HB3237574.5e-128428.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SSN0拟南芥Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 169.241%Swiss-Prot强数据库同源证据
P93042拟南芥Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 369.661%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FKE9拟南芥Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 264.729%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0JLS6水稻Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 368.110%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q2QMH2水稻Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 162.005%Swiss-Prot强数据库同源证据

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