LXL04_036547 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036547

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 44302822-44305159 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

867 bp · LXL04_036547|LXL04_036547|OH1004|cDNA

ATGTTTATCTCTCGCAGATCTTGGACGAAAACTTCAAACTTTAAACGGAGATTTCGATTTCGCTTTCGGTTCAATCCAGCAGTTATTGCAAGACTTCTTAAAAGCTCACAAAAAAACAGAGTACACCGGCAATCGACTTCATTTCCACTTTTTTTGGGGATTATGCAGTTCTTAGAAGAATACGAACACATACGGCGATTACACAGTTTATACATGCAAAAGAAACGGAATCAGTTATTAATGGCTTTATGGAAATTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

867 bp · LXL04_036547|LXL04_036547|OH1004|CDS

ATGTTTATCTCTCGCAGATCTTGGACGAAAACTTCAAACTTTAAACGGAGATTTCGATTTCGCTTTCGGTTCAATCCAGCAGTTATTGCAAGACTTCTTAAAAGCTCACAAAAAAACAGAGTACACCGGCAATCGACTTCATTTCCACTTTTTTTGGGGATTATGCAGTTCTTAGAAGAATACGAACACATACGGCGATTACACAGTTTATACATGCAAAAGAAACGGAATCAGTTATTAATGGCTTTATGGAAATTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

288 aa · LXL04_036547|LXL04_036547|OH1004|PROTEIN

MFISRRSWTKTSNFKRRFRFRFRFNPAVIARLLKSSQKNRVHRQSTSFPLFLGIMQFLEEYEHIRRLHSLYMQKKRNQLLMALWKFLQVNGFYDYSLIKNLQDIHQALEFSGDDEGGYSFGFFSVKFSNHGRELVAGSSDDSIYVYDVEANKLSLLIQAHTSDVNNVCFADEANHLIYSGSDDNLCKVWDRRCFRSKGKPAGILMGHLKGITFLDTRRDGRYLISNGKDQTIKLWDIRKMSSNATRSFCIVYTYTLLIFT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036547`
TK1151 ID	TkA04G041890
OH-1004 ID	LXL04_036547
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.857 / OH-1004 57.639 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_036547`
位置	Chr08:44302822-44305159 (-)
描述	Similar to LEC14B protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036547` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0080135 regulation of cellular response to stress 生物过程 GO:1902412 regulation of mitotic cytokinesis 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:539433 hsa:80344 pon:100173316 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.453

排名 1 · LXL04_036547 · OH-1004

细胞质0.337

排名 2 · LXL04_036547 · OH-1004

线粒体0.114

排名 3 · LXL04_036547 · OH-1004

内质网0.074

排名 4 · LXL04_036547 · OH-1004

细胞膜0.062

排名 5 · LXL04_036547 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23098.2Beta-prop_NOL10_N57-192 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd75-190 aa

PF25391.2WD40_Gbeta118-236 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd120-236 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz122-242 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3123-268 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5123-240 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st123-192 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036547	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	57	192	4.6e-06	26.7
LXL04_036547	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	75	190	8.7e-08	32.2
LXL04_036547	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	118	236	2.9e-11	43.7
LXL04_036547	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	120	236	5.6e-13	49.5
LXL04_036547	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	122	242	9.5e-17	61.9
LXL04_036547	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	123	268	1.1e-20	74.5
LXL04_036547	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	123	240	1.2e-20	74.7
LXL04_036547	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	123	192	1.1e-15	58.4
LXL04_036547	`PF24805.2`	EIF3I	123	192	1.4e-09	38.2
LXL04_036547	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	123	193	1.1e-07	32.3
LXL04_036547	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	124	190	5.2e-20	72.6
LXL04_036547	`PF24796.2`	WDR55	124	192	1.5e-16	61.1
LXL04_036547	`PF24814.2`	WD40_Prp19	124	240	8.2e-15	55.3
LXL04_036547	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	124	190	2e-12	47.6
LXL04_036547	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	124	244	9.4e-12	45.6
LXL04_036547	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	124	192	3e-08	33.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情