LXL04_036544 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036544

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 44231380-44235821 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2763 bp · LXL04_036544|LXL04_036544|OH1004|cDNA

ATGGGATCCAACAAAATCGCTGATTTGAAACTTCAGGGTGCAGGATCAAAGCTCGGCCTAGAAATCTGGTCTATAGAAAACCTCCGTTTAGTTTCAGTCCCCCAATCTTCACATGGAAAATTCTTTTCAGGAAGTGCATATTTGGTCCTCCATACAACTTTGCTAAAAAGCGGCGCTCTTCAACACGACATACATTATTGGCTAGGAACCGATGCTAATGAGGTTGACTCAACTTTAGCATCGGATAAAGCCCTAGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2763 bp · LXL04_036544|LXL04_036544|OH1004|CDS

ATGGGATCCAACAAAATCGCTGATTTGAAACTTCAGGGTGCAGGATCAAAGCTCGGCCTAGAAATCTGGTCTATAGAAAACCTCCGTTTAGTTTCAGTCCCCCAATCTTCACATGGAAAATTCTTTTCAGGAAGTGCATATTTGGTCCTCCATACAACTTTGCTAAAAAGCGGCGCTCTTCAACACGACATACATTATTGGCTAGGAACCGATGCTAATGAGGTTGACTCAACTTTAGCATCGGATAAAGCCCTAGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

920 aa · LXL04_036544|LXL04_036544|OH1004|PROTEIN

MGSNKIADLKLQGAGSKLGLEIWSIENLRLVSVPQSSHGKFFSGSAYLVLHTTLLKSGALQHDIHYWLGTDANEVDSTLASDKALELDAALGSQSVQYKEVQGQETGKFLSYFKPCIIPLEGVYYSGQIQSSKSPNYETRLLTCKGDRVVHVREVAFSRSSLNHRDVFILDTESKIFHFSGCNSSIQERAKALEVVQYIKEYKHKGNCDVAAIEDGKFVGDAEVGEFWNFFGGYAPIPKDPPSTNEQPENLAAKLFWITL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036544`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036544

位置 Chr08:44231380-44235821 (+)

描述 Similar to VLN1: Villin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29890`	结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺/钙调蛋白，但体外不具有切断、封端或促进成核的活性。	Arabidopsis VILLIN1 generates actin filament cables that are resistant to depolymerization.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.028555 Arabidopsis VILLIN1 and VILLIN3 have overlapping and distinct activities in actin bundle formation and turnover.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076240
`At5g57320`	主要肌动蛋白丝稳定因子和肌动蛋白动力学调节剂。	Arabidopsis VILLIN5, an actin filament bundling and severing protein, is necessary for normal pollen tube growth.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076257 Arabidopsis villins promote actin turnover at pollen tube tips and facilitate the construction of actin collars.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110940
`At4g30160`	结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺，但可封闭肌动蛋白丝正端并以钙依赖方式切断丝状结构。	Arabidopsis VILLIN4 is involved in root hair growth through regulating actin organization in a Ca2+-dependent manner.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03632.x The universal bundling activity of AtVLN4 in diffusely growing cells.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16501

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0659300`	Ca²⁺ 调节的肌动蛋白结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os08g0240800`	Ca²⁺调控的肌动蛋白结合蛋白（根据相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036544 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0030042 actin filament depolymerization 生物过程

GO:0030835 negative regulation of actin filament depolymerization 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0051014 actin filament severing 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0051693 actin filament capping 生物过程

GO:0051764 actin crosslink formation 生物过程

GO:0099636 cytoplasmic streaming 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29890

ath:AT4G30160

ath:AT5G57320

dosa:Os06g0659300

dosa:Os08g0240800

osa:4341731

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.697

排名 1 · LXL04_036544 · OH-1004

细胞核0.204

排名 2 · LXL04_036544 · OH-1004

细胞膜0.156

排名 3 · LXL04_036544 · OH-1004

高尔基体0.069

排名 4 · LXL04_036544 · OH-1004

内质网0.054

排名 5 · LXL04_036544 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00626.28Gelsolin30-109 aa

PF25480.2DUF790431-111 aa

PF00626.28Gelsolin150-200 aa

PF00626.28Gelsolin269-338 aa

PF25480.2DUF7904396-480 aa

PF00626.28Gelsolin639-677 aa

PF02209.25VHP885-920 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036544	`PF00626.28`	Gelsolin	30	109	6.8e-49	164.3
LXL04_036544	`PF25480.2`	DUF7904	31	111	4.8e-18	65.5
LXL04_036544	`PF00626.28`	Gelsolin	150	200	6.8e-49	164.3
LXL04_036544	`PF00626.28`	Gelsolin	269	338	6.8e-49	164.3
LXL04_036544	`PF25480.2`	DUF7904	396	480	4.8e-18	65.5
LXL04_036544	`PF00626.28`	Gelsolin	639	677	6.8e-49	164.3
LXL04_036544	`PF02209.25`	VHP	885	920	2.8e-13	50.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81643`	拟南芥	Villin-1	52.278%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LVC6`	拟南芥	Villin-5	46.528%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O65570`	拟南芥	Villin-4	46.447%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q67U26`	水稻	Villin-3	45.324%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0J716`	水稻	Villin-5	45.723%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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