LXL04_036478 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036478

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 43021508-43025897 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2415 bp · LXL04_036478|LXL04_036478|OH1004|cDNA

ATGGATGAAGAATTACTCGAACTACAGCGGCAATTTGAATCCGCTCAACAAGCGAAATCAAGCATTCGTTTATCAGAACGAAACGTCGTTGAATTAGTTCAAAAGCTTCAACAACTCCATATCATCGACTTCGATCTCCTACACACTGTATCCGGCAAAGAGTACATCACTCCTGAGCATCTACGGCTTGAGATTGTGTCAGAGATAAAGAAAATAGGGCGTGTCTCGTTGATTGATCTTGCTGATATTGTTGGTGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2415 bp · LXL04_036478|LXL04_036478|OH1004|CDS

ATGGATGAAGAATTACTCGAACTACAGCGGCAATTTGAATCCGCTCAACAAGCGAAATCAAGCATTCGTTTATCAGAACGAAACGTCGTTGAATTAGTTCAAAAGCTTCAACAACTCCATATCATCGACTTCGATCTCCTACACACTGTATCCGGCAAAGAGTACATCACTCCTGAGCATCTACGGCTTGAGATTGTGTCAGAGATAAAGAAAATAGGGCGTGTCTCGTTGATTGATCTTGCTGATATTGTTGGTGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

804 aa · LXL04_036478|LXL04_036478|OH1004|PROTEIN

MDEELLELQRQFESAQQAKSSIRLSERNVVELVQKLQQLHIIDFDLLHTVSGKEYITPEHLRLEIVSEIKKIGRVSLIDLADIVGVDLYHVEKQAQVVVANDSSLMLINGEIISDWYWNNVCEEINDRLQECSQIALAEIAAQLQVGSELLVTVLEPRLGSLIKGRLEGGQIYTPAYVARVNAMVRGAARGITVPMNLSMLWSSLQILLQEMDGASGVAVEGSFFQSMFNGLVKEGQVLGSVRAGVHWTPSVFAIAQREC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036478`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036478

位置 Chr08:43021508-43025897 (+)

描述 Similar to Os05g0117600: E3 UFM1-protein ligase 1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46220`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0117600`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8AXB6`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0032434 regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程

GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程

GO:0033146 regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46220

dosa:Os05g0117600

osa:9266232

rno:313115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.452

排名 1 · LXL04_036478 · OH-1004

细胞核0.435

排名 2 · LXL04_036478 · OH-1004

高尔基体0.135

排名 3 · LXL04_036478 · OH-1004

内质网0.076

排名 4 · LXL04_036478 · OH-1004

溶酶体／液泡0.051

排名 5 · LXL04_036478 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09743.15E3_UFM1_ligase4-288 aa

PF25870.2WHD_UFL1_5th305-351 aa

PF23659.2UFL1549-678 aa

PF25041.2UFL1_C683-796 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036478	`PF09743.15`	E3_UFM1_ligase	4	288	3.3e-98	329.4
LXL04_036478	`PF25870.2`	WHD_UFL1_5th	305	351	8.1e-10	39.2
LXL04_036478	`PF23659.2`	UFL1	549	678	3.3e-32	112.1
LXL04_036478	`PF25041.2`	UFL1_C	683	796	4.2e-30	104.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX73`	拟南芥	E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	59.181%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9FM64`	水稻	E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	57.248%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8AXB6`	水稻	E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	57.248%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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