LXL04_036435 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036435

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 41880958-41882694 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1644 bp · LXL04_036435|LXL04_036435|OH1004|cDNA

ATGCAAGCGGCAGTCCCCCTGTTTGAACGCCAGTTCTTTctagcatttcgtcgagcactttCCAACTCTTGTTCCTCCCAACGCCTCCTCATTCCCAATGCTCTTACATTCTCTACTCATGCGACAGATAATTTAGAACCTATCAAGGACGAAGATGAGAAAGCAGAAATCAAATACAGCTTACGAACAACTGACGGCGCGGAATCAATCAGCGAGGATAATGAAGAAGCTCCCGGAAGCTTATGTGGGAGGATAGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1644 bp · LXL04_036435|LXL04_036435|OH1004|CDS

ATGCAAGCGGCAGTCCCCCTGTTTGAACGCCAGTTCTTTCTAGCATTTCGTCGAGCACTTTCCAACTCTTGTTCCTCCCAACGCCTCCTCATTCCCAATGCTCTTACATTCTCTACTCATGCGACAGATAATTTAGAACCTATCAAGGACGAAGATGAGAAAGCAGAAATCAAATACAGCTTACGAACAACTGACGGCGCGGAATCAATCAGCGAGGATAATGAAGAAGCTCCCGGAAGCTTATGTGGGAGGATAGAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

547 aa · LXL04_036435|LXL04_036435|OH1004|PROTEIN

MQAAVPLFERQFFLAFRRALSNSCSSQRLLIPNALTFSTHATDNLEPIKDEDEKAEIKYSLRTTDGAESISEDNEEAPGSLCGRIEKLARGDPVGSAFQSWMGDGFPIHRGDIFHTINRLRKRKFNKRALEVMEWVIRERPYMPKQLDYSFLLEFTAKLHGIPQGEKLFSHIPSEFQDELLYNNLVIACLDKGMIRLSLAYMKKMRELGHSISYMVFNRLIILHSSPSRRKSIPKILTQMKADKVPRHVSTYNILLKMEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036435`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036435

位置 Chr08:41880958-41882694 (-)

描述 Similar to At1g07590: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g07590, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07590`	含五聚肽重复序列的蛋白 At1g07590，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g15480`	含有五重复肽基序的蛋白At1g15480，位于线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g80270`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g80270，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g60770`	大核糖体亚基蛋白 mL101（rPPR4）。	暂无已核实直接文献
`At1g02150`	含五重复肽的蛋白 At1g02150。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036435 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:1902775 mitochondrial large ribosomal subunit assembly 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0140978 mitochondrial large ribosomal subunit binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02150

ath:AT1G07590

ath:AT1G15480

ath:AT1G60770

ath:AT1G80270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.779

排名 1 · LXL04_036435 · OH-1004

质体0.142

排名 2 · LXL04_036435 · OH-1004

细胞核0.056

排名 3 · LXL04_036435 · OH-1004

细胞质0.030

排名 4 · LXL04_036435 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_036435 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N231-411 aa

PF13812.13PPR_3235-290 aa

PF13041.13PPR_2249-293 aa

PF13041.13PPR_2388-433 aa

PF01535.27PPR390-418 aa

PF12854.14PPR_1391-415 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036435	`PF29070.1`	MSC6_N	231	411	6.5e-11	42.7
LXL04_036435	`PF13812.13`	PPR_3	235	290	2.9e-17	63.2
LXL04_036435	`PF13041.13`	PPR_2	249	293	1.9e-34	118.3
LXL04_036435	`PF13041.13`	PPR_2	388	433	1.9e-34	118.3
LXL04_036435	`PF01535.27`	PPR	390	418	2.4e-24	84.6
LXL04_036435	`PF12854.14`	PPR_1	391	415	2.8e-14	53.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940Q2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g07590, mitochondrial	64.363%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XI21`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15480, mitochondrial	26.346%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C977`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80270, mitochondrial	25.761%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O22714`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein mL101 (rPPR4)	25.282%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LPS6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02150	25.310%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情