LXL04_036415 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036415

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 41567770-41571637 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2469 bp · LXL04_036415|LXL04_036415|OH1004|cDNA

ATGATGTTTTCAAGACTTGGTCGGTCGATCTCTCGATCGGCTCGTTCAAGGAATGTTCTGAGTGGTGGGAATGGCGGAAGGTCACAGATTTTGACCGATTCTCAAGCATATCAATCCCAACATATTGGACAAGCAGATGATAGCGTGGGGGTTTTGAAGCGTTATCTAGGTTCTCTAGCAGCTAACAATGAAATGTTTGGTTCTGGGTTATCATCCAAGACGTATCTATCGGATATCAAATATGTTCTCGCAAACCCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2469 bp · LXL04_036415|LXL04_036415|OH1004|CDS

ATGATGTTTTCAAGACTTGGTCGGTCGATCTCTCGATCGGCTCGTTCAAGGAATGTTCTGAGTGGTGGGAATGGCGGAAGGTCACAGATTTTGACCGATTCTCAAGCATATCAATCCCAACATATTGGACAAGCAGATGATAGCGTGGGGGTTTTGAAGCGTTATCTAGGTTCTCTAGCAGCTAACAATGAAATGTTTGGTTCTGGGTTATCATCCAAGACGTATCTATCGGATATCAAATATGTTCTCGCAAACCCTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

822 aa · LXL04_036415|LXL04_036415|OH1004|PROTEIN

MMFSRLGRSISRSARSRNVLSGGNGGRSQILTDSQAYQSQHIGQADDSVGVLKRYLGSLAANNEMFGSGLSSKTYLSDIKYVLANPKFQRFFSSEAPKKKNYENFFPKEKKETPKGNNQKSESKEESSTEDDGSFFPKQFNFQIPIPLLVIGLLLFSSLSSFGPREQKQISFQEFKNKLLEPGLVDHIVISNKSVAKVYVRNTPRNQSTDSTMEGTSIDSPARVNTSQYKYYFNIGSVESFEEKLEEAQEALGIDSHDYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036415`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036415

位置 Chr08:41567770-41571637 (-)

描述 Similar to FTSH10: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 10, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07510`	可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。	暂无已核实直接文献
`At2g29080`	可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0458400`	可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。	暂无已核实直接文献
`Os01g0842600`	可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036415 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006465 signal peptide processing 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0034982 mitochondrial protein processing 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0065003 protein-containing complex assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005745 m-AAA complex 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0097002 mitochondrial inner boundary membrane 细胞组分

GO:0004176 ATP-dependent peptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07510

ath:AT2G29080

dosa:Os01g0842600

dosa:Os05g0458400

sce:YMR089C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.929

排名 1 · LXL04_036415 · OH-1004

细胞质0.064

排名 2 · LXL04_036415 · OH-1004

细胞核0.055

排名 3 · LXL04_036415 · OH-1004

质体0.036

排名 4 · LXL04_036415 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 5 · LXL04_036415 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06480.21FtsH_ext144-257 aa

PF00004.36AAA370-502 aa

PF17862.8AAA_lid_3532-570 aa

PF01434.25Peptidase_M41585-767 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036415	`PF06480.21`	FtsH_ext	144	257	2.7e-13	50.7
LXL04_036415	`PF00004.36`	AAA	370	502	6e-43	147.1
LXL04_036415	`PF17862.8`	AAA_lid_3	532	570	2.6e-11	43.6
LXL04_036415	`PF01434.25`	Peptidase_M41	585	767	1.6e-66	224.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZI8`	拟南芥	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 10, mitochondrial	72.014%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84WU8`	拟南芥	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 3, mitochondrial	73.583%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DHL4`	水稻	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 8, mitochondrial	76.923%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S2A7`	水稻	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 3, mitochondrial	68.961%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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