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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_036402
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 41351286-41352869 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1584 bp · LXL04_036402|LXL04_036402|OH1004|cDNA

ATGCATTGTTTTCGTTCTTCCCAATCACCTTCCGATCGATACGTCAAGATTATCGAAAATTATGCTAGCAATCGAGCACTACAGTTAGGAAAACGCCTACATGCTCATCTAATCATTAATGGGTTAGCTCGTTCCCCCTACATCGCCTCAAAGCTCATATCTTTCTACACCGAATGCCGTCAAATATGTAATGCTCGCAAACTGTTTGACGAAATTCCCAAAACAAACACTCGACGTTGGACCGTTCTGGTAGGCGCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1584 bp · LXL04_036402|LXL04_036402|OH1004|CDS

ATGCATTGTTTTCGTTCTTCCCAATCACCTTCCGATCGATACGTCAAGATTATCGAAAATTATGCTAGCAATCGAGCACTACAGTTAGGAAAACGCCTACATGCTCATCTAATCATTAATGGGTTAGCTCGTTCCCCCTACATCGCCTCAAAGCTCATATCTTTCTACACCGAATGCCGTCAAATATGTAATGCTCGCAAACTGTTTGACGAAATTCCCAAAACAAACACTCGACGTTGGACCGTTCTGGTAGGCGCATA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

527 aa · LXL04_036402|LXL04_036402|OH1004|PROTEIN

MHCFRSSQSPSDRYVKIIENYASNRALQLGKRLHAHLIINGLARSPYIASKLISFYTECRQICNARKLFDEIPKTNTRRWTVLVGAYARHGFHQEAMDAFSEMQIEGLAPNKFIVPSVLKACGHLSDRQTGEKLHAVIVKQEFKSDPFVISALIDMYSKCGKTNKARNVFDLMVKFDLVAMNTMVAGYVQHGLINEALILFTQTQSLGFVPNLVTWNTLIAGFSQANDDSNVAKLFQLMLESGIPPDVVSWTSVISGFVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_036402
TK1151 IDTkA04G049920
OH-1004 IDLXL04_036402
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)84.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_036402
位置Chr08:41351286-41352869 (+)
描述Similar to PCMP-E1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59600
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g59600 含有五聚重复肽的蛋白 At5g59600。 暂无已核实直接文献
At2g37310 含五十二肽重复的蛋白At2g37310。 暂无已核实直接文献
At1g20230 含五重复肽的蛋白质 At1g20230。 暂无已核实直接文献
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At3g53360 含五基重复蛋白 At3g53360，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036402 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20230
ath:AT2G37310
ath:AT5G59600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.659
排名 1 · LXL04_036402 · OH-1004
质体0.184
排名 2 · LXL04_036402 · OH-1004
细胞核0.041
排名 3 · LXL04_036402 · OH-1004
细胞质0.031
排名 4 · LXL04_036402 · OH-1004
细胞膜0.005
排名 5 · LXL04_036402 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N50-170 aa
PF13041.13PPR_280-113 aa
PF01535.27PPR80-107 aa
PF01535.27PPR151-176 aa
PF13041.13PPR_2177-224 aa
PF17177.11PPR_long194-295 aa
PF13812.13PPR_3201-260 aa
PF13041.13PPR_2211-249 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_036402PF29070.1MSC6_N501703.2e-2073.3
LXL04_036402PF13041.13PPR_2801132.4e-58194.8
LXL04_036402PF01535.27PPR801071.3e-56185.6
LXL04_036402PF01535.27PPR1511761.3e-56185.6
LXL04_036402PF13041.13PPR_21772242.4e-58194.8
LXL04_036402PF17177.11PPR_long1942952.8e-1557.0
LXL04_036402PF13812.13PPR_32012607.1e-2794.0
LXL04_036402PF13041.13PPR_22112492.4e-58194.8
LXL04_036402PF01535.27PPR2142441.3e-56185.6
LXL04_036402PF29070.1MSC6_N2152963.2e-2073.3
LXL04_036402PF13812.13PPR_32352937.1e-2794.0
LXL04_036402PF13041.13PPR_22462932.4e-58194.8
LXL04_036402PF01535.27PPR2492781.3e-56185.6
LXL04_036402PF13041.13PPR_23473952.4e-58194.8
LXL04_036402PF12854.14PPR_13483761.2e-36124.8
LXL04_036402PF29070.1MSC6_N3484443.2e-2073.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FGR2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5960050.682%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9ZUT5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3731033.667%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LNU6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2023032.836%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic30.952%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LFI1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial31.927%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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