LXL04_036119 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036119

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 36027081-36029357 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1590 bp · LXL04_036119|LXL04_036119|OH1004|cDNA

ATGGGAAACTGTTGCAGATCTCCGGCGGCGGTAGCCAGGGAGGATGTCAAGTCATCGAACTTTTCCGGACACGATCATACCAACAAGAAGGACAAGGCGAACGGGAAGAAGGCGCCGATCGATGTCTTGACTGATATATCCAAAGAAAATATTGAAGAGAAGTATATGGTGGATAGGGAACTTGGTCGCGGTGAATTTGGAGTTACTTACTTGTGTATAGATCGGAGCTCGAGGGAGTTGCTTGCTTGCAAGTCGATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1590 bp · LXL04_036119|LXL04_036119|OH1004|CDS

ATGGGAAACTGTTGCAGATCTCCGGCGGCGGTAGCCAGGGAGGATGTCAAGTCATCGAACTTTTCCGGACACGATCATACCAACAAGAAGGACAAGGCGAACGGGAAGAAGGCGCCGATCGATGTCTTGACTGATATATCCAAAGAAAATATTGAAGAGAAGTATATGGTGGATAGGGAACTTGGTCGCGGTGAATTTGGAGTTACTTACTTGTGTATAGATCGGAGCTCGAGGGAGTTGCTTGCTTGCAAGTCGATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

529 aa · LXL04_036119|LXL04_036119|OH1004|PROTEIN

MGNCCRSPAAVAREDVKSSNFSGHDHTNKKDKANGKKAPIDVLTDISKENIEEKYMVDRELGRGEFGVTYLCIDRSSRELLACKSISKRKLRTAVDVDDVRREVAIMKHLPENSSIVTLREACEDENAVHLVMELCEGGELFDRIVARGHYTERAAAAVTRTMVEVVQLCHKHGVIHRDLKPENFLFANKKENSPLKAIDFGLSIFFKPGEKFSEIVGSPYYMAPEVLKRSYGPEIDIWSAGVILYILLCGVPPFWAESE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036119`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036119

位置 Chr08:36027081-36029357 (+)

描述 Similar to CPK13: Calcium-dependent protein kinase 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g51850`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g19450`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g12480`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0467000`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os01g0832300`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036119 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G51850

ath:AT5G12480

ath:AT5G19450

dosa:Os01g0832300

dosa:Os05g0467000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.556

排名 1 · LXL04_036119 · OH-1004

细胞质0.320

排名 2 · LXL04_036119 · OH-1004

细胞核0.216

排名 3 · LXL04_036119 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 4 · LXL04_036119 · OH-1004

内质网0.058

排名 5 · LXL04_036119 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase55-313 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr57-308 aa

PF13499.13EF-hand_7359-419 aa

PF00036.39EF-hand_1360-388 aa

PF13405.13EF-hand_6360-388 aa

PF13202.13EF-hand_5361-383 aa

PF13833.13EF-hand_8373-420 aa

PF13499.13EF-hand_7431-494 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036119	`PF00069.32`	Pkinase	55	313	1.1e-75	255.1
LXL04_036119	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	57	308	2.7e-23	83.3
LXL04_036119	`PF13499.13`	EF-hand_7	359	419	4.4e-27	94.9
LXL04_036119	`PF00036.39`	EF-hand_1	360	388	6.2e-28	95.0
LXL04_036119	`PF13405.13`	EF-hand_6	360	388	9.6e-24	81.5
LXL04_036119	`PF13202.13`	EF-hand_5	361	383	5e-24	83.3
LXL04_036119	`PF13833.13`	EF-hand_8	373	420	1.8e-14	53.9
LXL04_036119	`PF13499.13`	EF-hand_7	431	494	4.4e-27	94.9
LXL04_036119	`PF00036.39`	EF-hand_1	433	457	6.2e-28	95.0
LXL04_036119	`PF13405.13`	EF-hand_6	433	458	9.6e-24	81.5
LXL04_036119	`PF00036.39`	EF-hand_1	470	495	6.2e-28	95.0
LXL04_036119	`PF13833.13`	EF-hand_8	470	494	1.8e-14	53.9
LXL04_036119	`PF13202.13`	EF-hand_5	471	493	5e-24	83.3
LXL04_036119	`PF13405.13`	EF-hand_6	471	494	9.6e-24	81.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4I7`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 13	85.849%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42438`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 8	66.353%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38873`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 7	65.478%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6I5I8`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 16	76.965%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LPZ7`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 3	77.273%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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