LXL04_036090 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036090

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 35513466-35514537 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

975 bp · LXL04_036090|LXL04_036090|OH1004|cDNA

GATACTCTCTTCATCCAACCGCCACAATTTCCTCGCTTATCTCATCCCTTCACACCTCCAACTCTATACATCACGCCACACTCCTCACCAACTACACACAACCCACCACCACCAATGGCAaccaccgccgccgccgccgcctCCTCCTTCATCGGAACCCGTCTCCCAGACCTACATTCCAACTCCGGCAGAGTTTCAGCCAGATTCGGATTCGGAAAGAAGAAAGCCGCCCCCAAAAAAGCAGCCAGAACCGTAACTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

861 bp · LXL04_036090|LXL04_036090|OH1004|CDS

ATGGCAACCACCGCCGCCGCCGCCGCCTCCTCCTTCATCGGAACCCGTCTCCCAGACCTACATTCCAACTCCGGCAGAGTTTCAGCCAGATTCGGATTCGGAAAGAAGAAAGCCGCCCCCAAAAAAGCAGCCAGAACCGTAACTTCTGATCGTCCATTATGGTACCCCGGCGCAAAAGCACCGGAGTATCTAGACGGGAGTCTGGTCGGAGACTACGGGTTTGACCCATTCGGTTTGGGTAAACCGGCTGAGTATTTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

286 aa · LXL04_036090|LXL04_036090|OH1004|PROTEIN

MATTAAAAASSFIGTRLPDLHSNSGRVSARFGFGKKKAAPKKAARTVTSDRPLWYPGAKAPEYLDGSLVGDYGFDPFGLGKPAEYLQFDLDSLDQNLAKNLAGDVIGTRFEDSDVKSTPFQPYSEVFGLQRFRECELIHGRWAMLATLGALTVESVTGVTWQDAGKVELIDGSSYLGQPLPFSITTLIWIEVLIIGYIEFQRNAELEPEKRLYPGGPFDPLNLAADPEKKAILQLAEIKHARLAMVGFLGFAVQAAATGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036090`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036090

位置 Chr08:35513466-35514537 (+)

描述 Similar to LHCB4.2: Chlorophyll a-b binding protein CP29.2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08940`	光合捕光复合体（LHC）作为光受体，捕获并将激发能量传递给它密切相关的光系统。	暂无已核实直接文献
`At5g01530`	光合捕光复合体（LHC）作为光受体，捕获并将激发能量传递给它密切相关的光系统。	暂无已核实直接文献
`At2g40100`	光合捕光复合体（LHC）作为光受体，捕获并将激发能量传递给它密切相关的光系统。	暂无已核实直接文献
`At3g54890`	光合捕光复合体（LHC）作为光受体，捕获并将激发能量传递给它密切相关的光系统。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036090 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009645 response to low light intensity stimulus 生物过程

GO:0009765 photosynthesis, light harvesting 生物过程

GO:0009768 photosynthesis, light harvesting in photosystem I 生物过程

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009503 thylakoid light-harvesting complex 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009522 photosystem I 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40100

ath:AT3G08940

ath:AT3G54890

ath:AT5G01530

cre:CHLRE_17g720250v5

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.988

排名 1 · LXL04_036090 · OH-1004

线粒体0.021

排名 2 · LXL04_036090 · OH-1004

细胞质0.011

排名 3 · LXL04_036090 · OH-1004

细胞核0.008

排名 4 · LXL04_036090 · OH-1004

细胞膜0.008

排名 5 · LXL04_036090 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00504.29Chloroa_b-bind60-255 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036090	`PF00504.29`	Chloroa_b-bind	60	255	2.3e-42	146.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XF88`	拟南芥	Chlorophyll a-b binding protein CP29.2, chloroplastic	86.029%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q07473`	拟南芥	Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic	85.036%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S7W1`	拟南芥	Chlorophyll a-b binding protein CP29.3, chloroplastic	71.004%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q01667`	拟南芥	Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic	40.086%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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