LXL04_036066 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036066

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 34969782-34976331 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3267 bp · LXL04_036066|LXL04_036066|OH1004|cDNA

atgtcttctgctaaaccttcaagagctcccaatgtcatagaacaggtatggtccatgatatctgaacttggtttttccaaAACAATATTTCAGTCCCATATAACCAAAATTGAGAAAAGTCttgaagctgatctcaaaaaatatcatgacacaatggtcaattctgatatttgcaaatctgagttacaaaccctacaactcaaatttggagaattgACAAGAACAAAGaccatattggaaagagacgttgaaagaaaatc...

CDS

下载 CDS FASTA

3267 bp · LXL04_036066|LXL04_036066|OH1004|CDS

ATGTCTTCTGCTAAACCTTCAAGAGCTCCCAATGTCATAGAACAGGTATGGTCCATGATATCTGAACTTGGTTTTTCCAAAACAATATTTCAGTCCCATATAACCAAAATTGAGAAAAGTCTTGAAGCTGATCTCAAAAAATATCATGACACAATGGTCAATTCTGATATTTGCAAATCTGAGTTACAAACCCTACAACTCAAATTTGGAGAATTGACAAGAACAAAGACCATATTGGAAAGAGACGTTGAAAGAAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1088 aa · LXL04_036066|LXL04_036066|OH1004|PROTEIN

MSSAKPSRAPNVIEQVWSMISELGFSKTIFQSHITKIEKSLEADLKKYHDTMVNSDICKSELQTLQLKFGELTRTKTILERDVERKSEDYNHVLKQLNNALIQKRDLELKNQSIISSETKDVLELEILQLKQNLQESTENSKTLNEKLIDSLKQINFLETKNKKLIWNMDSIKVARKLSDDVFTKANSLGTGKIDTNYRPGIGRESFENELANSSTNSASSSTNQIKHINKTANTPLTKPKVFEKQPKKPVQPYLIHQKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036066`
TK1151 ID	TkA04G079890
OH-1004 ID	LXL04_036066
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 35.478 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036066

位置 Chr08:34969782-34976331 (-)

描述 Similar to PDC1: Pyruvate decarboxylase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33070`	可能在缺氧时的乙醇发酵中发挥作用。	The pyruvate decarboxylase1 gene of Arabidopsis is required during anoxia but not other environmental stresses.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.016907
`At5g01320`	丙酮酸脱羧酶4。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XFI3`	丙酮酸脱羧酶 2。	暂无已核实直接文献
`Os03g0293500`	丙酮酸脱羧酶 2。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2Y5L9`	丙酮酸脱羧酶1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036066 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000949 aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0034059 response to anoxia 生物过程

GO:0036293 response to decreased oxygen levels 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0090548 response to nitrate starvation 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0004737 pyruvate decarboxylase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G33070

ath:AT5G01320

dosa:Os03g0293500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.642

排名 1 · LXL04_036066 · OH-1004

细胞核0.322

排名 2 · LXL04_036066 · OH-1004

线粒体0.107

排名 3 · LXL04_036066 · OH-1004

内质网0.042

排名 4 · LXL04_036066 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 5 · LXL04_036066 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00205.29TPP_enzyme_M719-836 aa

PF02775.27TPP_enzyme_C929-1059 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036066	`PF00205.29`	TPP_enzyme_M	719	836	5.2e-21	75.5
LXL04_036066	`PF02775.27`	TPP_enzyme_C	929	1059	3.2e-15	56.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82647`	拟南芥	Pyruvate decarboxylase 1	77.931%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M040`	拟南芥	Pyruvate decarboxylase 4	76.322%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2XFI3`	水稻	Pyruvate decarboxylase 2	75.632%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10MW3`	水稻	Pyruvate decarboxylase 2	75.402%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2Y5L9`	水稻	Pyruvate decarboxylase 1	74.713%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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