LXL04_035943 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035943

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 32556867-32558587 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1509 bp · LXL04_035943|LXL04_035943|OH1004|cDNA

ATGGCTTCTACTACCATGCTTTCTTCAACCACCCTCAAACTCTACTCCAATTTCATTTGCTTCTCCCCTTCTAAACCCACATTACCAAACAATATCATCCCAATCACAACTAATTTCAGGAGAAACCCATTAAAACTCAACGCATCTTTCAATGAAATCTCCGATGAGATATTAGAAACCACGCTTCATTTAGACCAGTTCCCGATTTTCAAATCGGGGTATGCGCAGTTCCAGAGAGTCACGGAAGATGTACCGGAGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1509 bp · LXL04_035943|LXL04_035943|OH1004|CDS

ATGGCTTCTACTACCATGCTTTCTTCAACCACCCTCAAACTCTACTCCAATTTCATTTGCTTCTCCCCTTCTAAACCCACATTACCAAACAATATCATCCCAATCACAACTAATTTCAGGAGAAACCCATTAAAACTCAACGCATCTTTCAATGAAATCTCCGATGAGATATTAGAAACCACGCTTCATTTAGACCAGTTCCCGATTTTCAAATCGGGGTATGCGCAGTTCCAGAGAGTCACGGAAGATGTACCGGAGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

502 aa · LXL04_035943|LXL04_035943|OH1004|PROTEIN

MASTTMLSSTTLKLYSNFICFSPSKPTLPNNIIPITTNFRRNPLKLNASFNEISDEILETTLHLDQFPIFKSGYAQFQRVTEDVPEPEKWGVLVFAGLVWIYLTARPGVLFGAIDSYILAPAQKVFDGLSGRRNLKRSDFLIGDKLGEGSFGVVFSGVVVPKNFTVEERIRKSGSRRRELEKDERFKEKVILKQVKIGVAGAIECGEFEEWFNYRLSRAAPETCAEFLGSFVSDKTTSQFTKGEKWLVWKFEGDRDLADY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035943`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035943

位置 Chr08:32556867-32558587 (-)

描述 Similar to STN8: Serine/threonine-protein kinase STN8, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01920`	可能磷酸化光系统Ⅱ核心复合体的相关蛋白。	STN8 protein kinase in Arabidopsis thaliana is specific in phosphorylation of photosystem II core proteins.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m505729200 Photosystem II core phosphorylation and photosynthetic acclimation require two different protein kinases.2005 · DOI: 10.1038/nature04016 Light regulation of CaS, a novel phosphoprotein in the thylakoid membrane of Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2008.06335.x Visualizing the mobility and distribution of chlorophyll proteins in higher plant thylakoid membranes: effects of photoinhibition and protein phosphorylation.2010 · DOI: 10.1111/j.0960-7412.2010.04207.x
`At1g68830`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，通过磷酸化光捕获复合物 II 外触角进行状态转换。	State transitions and light adaptation require chloroplast thylakoid protein kinase STN7.2005 · DOI: 10.1038/nature03286 Photosystem II core phosphorylation and photosynthetic acclimation require two different protein kinases.2005 · DOI: 10.1038/nature04016 State transitions revisited-a buffering system for dynamic low light acclimation of Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1007/s11103-006-9044-8 Intrinsically unstructured phosphoprotein TSP9 regulates light harvesting in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1021/bi8016334 Arabidopsis STN7 kinase provides a link between short- and long-term photosynthetic acclimation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064964 Phosphoproteomics of Arabidopsis chloroplasts reveals involvement of the STN7 kinase in phosphorylation of nucleoid protein pTAC16.2012 · DOI: 10.1016/j.febslet.2012.03.061
`At1g12680`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 PEPKR2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035943 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009643 photosynthetic acclimation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0042149 cellular response to glucose starvation 生物过程

GO:0042548 regulation of photosynthesis, light reaction 生物过程

GO:0042549 photosystem II stabilization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12680

ath:AT1G68830

ath:AT5G01920

mmu:381393

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.979

排名 1 · LXL04_035943 · OH-1004

线粒体0.023

排名 2 · LXL04_035943 · OH-1004

细胞核0.020

排名 3 · LXL04_035943 · OH-1004

细胞质0.016

排名 4 · LXL04_035943 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 5 · LXL04_035943 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr243-362 aa

PF03109.23ABC1276-340 aa

PF00069.32Pkinase291-362 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035943	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	243	362	4.4e-11	43.3
LXL04_035943	`PF03109.23`	ABC1	276	340	1.5e-07	31.6
LXL04_035943	`PF00069.32`	Pkinase	291	362	5e-25	89.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LZV4`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase STN8, chloroplastic	72.294%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S713`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase STN7, chloroplastic	41.769%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8W490`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase PEPKR2	28.049%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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