LXL04_035724 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035724

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 27697353-27709905 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8031 bp · LXL04_035724|LXL04_035724|OH1004|cDNA

ATGGAGCCGTGGGTTTCACTTGCATCTTCAATCCCGACTTCATCTACAAAGAATCGGATTCGGATCTTTCGCTCCGAGATTCCTTCTATTCTTCTTAATTCAGAGATGTCATCCGACACAGCATCGCAATTGGTGGATTTAATATACACGACATTGTATATTTATGATGACCGAGGGTCAAGGAAAGCCGTGGATGATTTAATCATCAAATCTTTAAGCGAGCTTGTATTTATGAAAACATTTGCAGCAGCTCTTGTACA...

CDS

下载 CDS FASTA

8031 bp · LXL04_035724|LXL04_035724|OH1004|CDS

ATGGAGCCGTGGGTTTCACTTGCATCTTCAATCCCGACTTCATCTACAAAGAATCGGATTCGGATCTTTCGCTCCGAGATTCCTTCTATTCTTCTTAATTCAGAGATGTCATCCGACACAGCATCGCAATTGGTGGATTTAATATACACGACATTGTATATTTATGATGACCGAGGGTCAAGGAAAGCCGTGGATGATTTAATCATCAAATCTTTAAGCGAGCTTGTATTTATGAAAACATTTGCAGCAGCTCTTGTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2676 aa · LXL04_035724|LXL04_035724|OH1004|PROTEIN

MEPWVSLASSIPTSSTKNRIRIFRSEIPSILLNSEMSSDTASQLVDLIYTTLYIYDDRGSRKAVDDLIIKSLSELVFMKTFAAALVQAMDKQIKVHSHVGCSRLMNWSCILLCKSQFISVAKNAFSRVSAAQASLLQISIQGSSHERRTCRKAFIHSFLESPDIFSLYMEELKAGRISYKNSPEILCVTLDFSTSKSSLFEQWKPVYLDMYVQSVLNAKEKPSKALSEAFQSLYFRFSHEDFKNIVVPSSMKMLKRNPEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035724`
TK1151 ID	TkA04G113610
OH-1004 ID	LXL04_035724
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.893 / OH-1004 61.136 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035724

位置 Chr08:27697353-27709905 (-)

描述 Similar to ILA: Protein ILITYHIA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64790`	参与针对细菌感染的免疫反应以及非宿主抗性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035724 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006414 translational elongation 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009682 induced systemic resistance 生物过程

GO:0034198 cellular response to amino acid starvation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:0085020 protein K6-linked ubiquitination 生物过程

GO:0140469 GCN2-mediated signaling 生物过程

GO:0160127 protein-RNA covalent cross-linking repair 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64790

hsa:10985

mmu:231659

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.504

排名 1 · LXL04_035724 · OH-1004

细胞核0.339

排名 2 · LXL04_035724 · OH-1004

高尔基体0.153

排名 3 · LXL04_035724 · OH-1004

细胞膜0.105

排名 4 · LXL04_035724 · OH-1004

溶酶体／液泡0.092

排名 5 · LXL04_035724 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24993.2GNC1_N204-337 aa

PF26715.1HEAT_GCN1_21112-1307 aa

PF24714.2TOR1L1_N1219-1367 aa

PF24987.2HEAT_EF3_N1373-1540 aa

PF23271.2HEAT_GCN11420-1559 aa

PF24714.2TOR1L1_N1464-1551 aa

PF13513.13HEAT_EZ1490-1536 aa

PF23271.2HEAT_GCN11556-1693 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035724	`PF24993.2`	GNC1_N	204	337	9.5e-47	158.8
LXL04_035724	`PF26715.1`	HEAT_GCN1_2	1112	1307	1.6e-78	264.2
LXL04_035724	`PF24714.2`	TOR1L1_N	1219	1367	2.7e-36	126.1
LXL04_035724	`PF24987.2`	HEAT_EF3_N	1373	1540	2.9e-93	311.2
LXL04_035724	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	1420	1559	8.8e-88	294.1
LXL04_035724	`PF24714.2`	TOR1L1_N	1464	1551	2.7e-36	126.1
LXL04_035724	`PF13513.13`	HEAT_EZ	1490	1536	2.2e-50	169.0
LXL04_035724	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	1556	1693	8.8e-88	294.1
LXL04_035724	`PF24984.2`	HEAT_EF3_GNC1	1574	1672	7.5e-46	155.5
LXL04_035724	`PF26715.1`	HEAT_GCN1_2	1889	2073	1.6e-78	264.2
LXL04_035724	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	1923	2060	8.8e-88	294.1
LXL04_035724	`PF24987.2`	HEAT_EF3_N	1932	2031	2.9e-93	311.2
LXL04_035724	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	2082	2272	8.8e-88	294.1
LXL04_035724	`PF24987.2`	HEAT_EF3_N	2105	2222	2.9e-93	311.2
LXL04_035724	`PF13513.13`	HEAT_EZ	2333	2387	2.2e-50	169.0
LXL04_035724	`PF25801.2`	HEAT_GCN1_C_2	2395	2646	1.5e-33	117.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I893`	拟南芥	Protein ILITYHIA	66.679%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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