LXL04_035644 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035644

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 26231220-26236008 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2412 bp · LXL04_035644|LXL04_035644|OH1004|cDNA

atgtcgtgtctaatccgtgtctattcgtgtttatccgtgtttgacacgaataaacacgaaacacgaatttctttattcgtgtcgacacgaataaacacgaaacacgaatttgttaaacacgaacacggaaaacccgtgtcgtgttcgtgtcgtgttattcgtgtcgtgttccaaattgccagAAACAAAGCAAAGCGAAGTAAAACAATGGGCGATGGCGATGAGCTACACGAAGAAGAACGTTTTGACGTCCTCACTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2412 bp · LXL04_035644|LXL04_035644|OH1004|CDS

ATGTCGTGTCTAATCCGTGTCTATTCGTGTTTATCCGTGTTTGACACGAATAAACACGAAACACGAATTTCTTTATTCGTGTCGACACGAATAAACACGAAACACGAATTTGTTAAACACGAACACGGAAAACCCGTGTCGTGTTCGTGTCGTGTTATTCGTGTCGTGTTCCAAATTGCCAGAAACAAAGCAAAGCGAAGTAAAACAATGGGCGATGGCGATGAGCTACACGAAGAAGAACGTTTTGACGTCCTCACTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

803 aa · LXL04_035644|LXL04_035644|OH1004|PROTEIN

MSCLIRVYSCLSVFDTNKHETRISLFVSTRINTKHEFVKHEHGKPVSCSCRVIRVVFQIARNKAKRSKTMGDGDELHEEERFDVLTKTGLKTGISKPRSAVHRDGDYHRAVHVWIFAESTQQLLLQKRADHKDSWPGLWDISSAGHVSAGDTSLITASVTNGGKFIDNEFDDVYLVTTLSPIPLEAFTLQESEVSAVKYISIEEYKNLLVKEDPQYVPYNLDGQYGQLFDIITKRYQDNVEAQSISLQKKLNRYSPISLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035644`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035644

位置 Chr08:26231220-26236008 (-)

描述 Similar to NUDT3: Nudix hydrolase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79690`	可能介导某些核苷二磷酸衍生物的水解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035644 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008239 dipeptidyl-peptidase activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0016791 phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79690

bth:BT_1846

caby:Cabys_2252

lin:lin0387

lmo:lmo0368

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.373

排名 1 · LXL04_035644 · OH-1004

质体0.277

排名 2 · LXL04_035644 · OH-1004

过氧化物酶体0.199

排名 3 · LXL04_035644 · OH-1004

线粒体0.164

排名 4 · LXL04_035644 · OH-1004

细胞核0.137

排名 5 · LXL04_035644 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00293.35NUDIX107-154 aa

PF03571.22Peptidase_M49422-627 aa

PF30221.1DUF8614428-780 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035644	`PF00293.35`	NUDIX	107	154	1.3e-06	29.1
LXL04_035644	`PF03571.22`	Peptidase_M49	422	627	3.6e-10	39.6
LXL04_035644	`PF30221.1`	DUF8614	428	780	1.6e-12	47.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L831`	拟南芥	Nudix hydrolase 3	66.969%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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