LXL04_035515 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035515

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 23848362-23850468 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1101 bp · LXL04_035515|LXL04_035515|OH1004|cDNA

ATGGATGATTCCAAAATTAAAGAACTCAAGCTCTTCGTCGAGAGTTGCCAAGCCGACCCCTCAATTCTACATAGCCCATCTCTAGGTTTCTTCAAATCCTTTCTCCAAAGCCTCGGCGCCAAAATCCCACCAGCATCAACATCGAATGCAGGAAATGGACACACATCCAATGATGACATTATGGAGTCAGACCTCGAGTTAGATGATTCAGATGTTGTAAAGCCTGACATAGACCCTCCCCAAAAGATGGGAGATCTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1101 bp · LXL04_035515|LXL04_035515|OH1004|CDS

ATGGATGATTCCAAAATTAAAGAACTCAAGCTCTTCGTCGAGAGTTGCCAAGCCGACCCCTCAATTCTACATAGCCCATCTCTAGGTTTCTTCAAATCCTTTCTCCAAAGCCTCGGCGCCAAAATCCCACCAGCATCAACATCGAATGCAGGAAATGGACACACATCCAATGATGACATTATGGAGTCAGACCTCGAGTTAGATGATTCAGATGTTGTAAAGCCTGACATAGACCCTCCCCAAAAGATGGGAGATCTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

366 aa · LXL04_035515|LXL04_035515|OH1004|PROTEIN

MDDSKIKELKLFVESCQADPSILHSPSLGFFKSFLQSLGAKIPPASTSNAGNGHTSNDDIMESDLELDDSDVVKPDIDPPQKMGDLSIEVTDENRDLAQTLKSKAIDAISQGKLNEAIDHLTEAIMMNPTSAILYATRANVFVKLQKPNAAIRDADVALQINADSAKGYKMRGIARAMLGLWEEAARDLGIASNLDYDDEIGSLLKKIEPNVHKIKEHRRKYERLRKEKKAKEDERERQKSRPKTEACEMDASSQTNGEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035515`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035515

位置 Chr08:23848362-23850468 (+)

描述 Similar to TDX: TPR repeat-containing thioredoxin TDX

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q8VWG7`	硫醇-二硫键氧化还原酶，具有还原胰岛素二硫键的活性、二硫还原酶活性、折叠酶伴侣活性和保持伴侣活性。	暂无已核实直接文献
`At4g22670`	FAM10 家族蛋白 At4g22670。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0401200`	可能的巯基-二硫键氧化还原酶，可能参与各种氧化还原反应，并在热冲击下充当分子伴侣。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035515 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0051259 protein complex oligomerization 生物过程

GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0070062 extracellular exosome 细胞组分

GO:0016667 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors 分子功能

GO:0016671 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor 分子功能

GO:0030544 Hsp70 protein binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G17880

ath:AT4G22670

dosa:Os09g0401200

gga:418003

osa:4346999

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.596

排名 1 · LXL04_035515 · OH-1004

细胞核0.472

排名 2 · LXL04_035515 · OH-1004

线粒体0.073

排名 3 · LXL04_035515 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 4 · LXL04_035515 · OH-1004

内质网0.036

排名 5 · LXL04_035515 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18253.7HipN2-43 aa

PF13414.13TPR_11110-145 aa

PF13098.14Thioredoxin_2276-352 aa

PF00085.27Thioredoxin277-362 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035515	`PF18253.7`	HipN	2	43	6.2e-19	68.1
LXL04_035515	`PF13414.13`	TPR_11	110	145	5.3e-06	26.7
LXL04_035515	`PF13098.14`	Thioredoxin_2	276	352	5.7e-07	30.6
LXL04_035515	`PF00085.27`	Thioredoxin	277	362	1.2e-26	93.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VWG7`	拟南芥	TPR repeat-containing thioredoxin TDX	59.474%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93YR3`	拟南芥	FAM10 family protein At4g22670	53.650%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6ES52`	水稻	TPR repeat-containing thioredoxin TDX	62.783%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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