LXL04_035395 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035395

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 21857602-21860321 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1179 bp · LXL04_035395|LXL04_035395|OH1004|cDNA

ATGAATAGAAAAATTCTTAAGTATGTGTTAACTCAATTCCAGCGACACTACCAGCAGCGATATCGTTCACAACCCAGATCAAACAGAAAACCCACTTTCGAAAAAGATTTATTCGTTGATTTCAGGCATCAGATGGCTGTTGTTGAAAATGCTCATAGCATCAACGTTGTAGCCTCAGATGTCGATCAGTCAACAAAATCAACCTATAACCCTGTTGCCATGTCTTACCGATCAAACGATTTccaccaccatcatcatca...

CDS

下载 CDS FASTA

1179 bp · LXL04_035395|LXL04_035395|OH1004|CDS

ATGAATAGAAAAATTCTTAAGTATGTGTTAACTCAATTCCAGCGACACTACCAGCAGCGATATCGTTCACAACCCAGATCAAACAGAAAACCCACTTTCGAAAAAGATTTATTCGTTGATTTCAGGCATCAGATGGCTGTTGTTGAAAATGCTCATAGCATCAACGTTGTAGCCTCAGATGTCGATCAGTCAACAAAATCAACCTATAACCCTGTTGCCATGTCTTACCGATCAAACGATTTCCACCACCATCATCATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

392 aa · LXL04_035395|LXL04_035395|OH1004|PROTEIN

MNRKILKYVLTQFQRHYQQRYRSQPRSNRKPTFEKDLFVDFRHQMAVVENAHSINVVASDVDQSTKSTYNPVAMSYRSNDFHHHHHHHQQQLPKMTAPPPPSTTGNGYVGDDDGGDGFKKEMRDLEEMLSKLNPMAEEFVPHQRPQLISSSPAQFGYAAVNNFLLHTSNAAFANGTPTAARRKGNFSGKRRINSRTSMAQRDDVIKRTVYVSDIDQQVTEEQLAALFINCGQVVDCRVCGDPNSVLHFAFVEFTDEEGAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035395`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035395

位置 Chr08:21857602-21860321 (-)

描述 Similar to CID11: Polyadenylate-binding protein-interacting protein 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32790`	与聚腺苷酸结合蛋白相互作用蛋白 11。	暂无已核实直接文献
`At4g10610`	在体外结合核酸。	A new Arabidopsis nucleic-acid-binding protein gene is highly expressed in dividing cells during development.1997 · DOI: 10.1023/a:1005834402536
`At3g49390`	与多腺苷酸结合蛋白相互作用的蛋白 10。	暂无已核实直接文献
`At3g14450`	多腺苷酸结合蛋白相互作用蛋白9。	暂无已核实直接文献
`At1g53650`	聚腺苷酸结合蛋白相互作用蛋白 8。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035395 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32790

ath:AT1G53650

ath:AT3G14450

ath:AT3G49390

ath:AT4G10610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.584

排名 1 · LXL04_035395 · OH-1004

细胞核0.389

排名 2 · LXL04_035395 · OH-1004

细胞膜0.104

排名 3 · LXL04_035395 · OH-1004

内质网0.041

排名 4 · LXL04_035395 · OH-1004

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · LXL04_035395 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_1209-271 aa

PF00076.29RRM_1306-373 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035395	`PF00076.29`	RRM_1	209	271	7.1e-24	84.2
LXL04_035395	`PF00076.29`	RRM_1	306	373	7.1e-24	84.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LPI5`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein-interacting protein 11	71.528%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S7N9`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein-interacting protein 12	70.690%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SG10`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein-interacting protein 10	67.474%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LRR6`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein-interacting protein 9	63.504%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8M0`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein-interacting protein 8	56.563%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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