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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_035172
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 16372134-16376895 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3168 bp · LXL04_035172|LXL04_035172|OH1004|cDNA

ATGATAATCAAGCGGAAGTTGAAATCGGCAATGCCGAGATTGAAGCGTTGTCGAGTTAGTGAGTCGGGAGGCGGAGACGACGAAGAATGGTCGGGGAAATTGAAATCTCGGAAGAAGCGAAAGACTAAAAACGGGTATTACCCTCTGCATCTGCTCGGAGAGGTTGCCGCCGGGATCATTACGTTGAGTGAATTGGGATTCCACTTCACCGCCGGCGTTATCCCTAGCTTTTTCTGCAGCGACACAGGCGCAGTGGTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3168 bp · LXL04_035172|LXL04_035172|OH1004|CDS

ATGATAATCAAGCGGAAGTTGAAATCGGCAATGCCGAGATTGAAGCGTTGTCGAGTTAGTGAGTCGGGAGGCGGAGACGACGAAGAATGGTCGGGGAAATTGAAATCTCGGAAGAAGCGAAAGACTAAAAACGGGTATTACCCTCTGCATCTGCTCGGAGAGGTTGCCGCCGGGATCATTACGTTGAGTGAATTGGGATTCCACTTCACCGCCGGCGTTATCCCTAGCTTTTTCTGCAGCGACACAGGCGCAGTGGTGAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1055 aa · LXL04_035172|LXL04_035172|OH1004|PROTEIN

MIIKRKLKSAMPRLKRCRVSESGGGDDEEWSGKLKSRKKRKTKNGYYPLHLLGEVAAGIITLSELGFHFTAGVIPSFFCSDTGAVVIVDSKPNAPKTELVDNSNATNNDTVPPAKPRPPLVRTSRGRVQVLPSRFNDSILDNWKKEKTKLDVNQCSHLDPEFAPIKEKPILKIPKPRDQIQTKKHNADKVSYKYRKSLPKFEEFEDDEYKSFDMIKYSGLNSQHNKDDDTNIKAPDEFSPGDIVWAKSGKHYPAWPAIVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_035172
TK1151 IDTkA04G160260
OH-1004 IDLXL04_035172
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_035172
位置Chr08:16372134-16376895 (+)
描述Similar to ATX4: Histone-lysine N-methyltransferase ATX4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g27910 组蛋白甲基转移酶。 暂无已核实直接文献
At5g53430 组蛋白甲基转移酶。 暂无已核实直接文献
At3g61740 组蛋白甲基转移酶。 暂无已核实直接文献
At2g31650 可能参与靶基因转录调控及相关组蛋白甲基化。
Combinatorial functions of diverse histone methylations in Arabidopsis thaliana flowering time regulation.2014 · DOI: 10.1111/nph.12493
Arabidopsis homolog of trithorax1 (ATX1) is required for cell production, patterning, and morphogenesis in root development.2014 · DOI: 10.1093/jxb/eru355
At1g05830 组蛋白甲基转移酶。
The highly similar Arabidopsis homologs of trithorax ATX1 and ATX2 encode proteins with divergent biochemical functions.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.056614
Combinatorial functions of diverse histone methylations in Arabidopsis thaliana flowering time regulation.2014 · DOI: 10.1111/nph.12493

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035172 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0018022 peptidyl-lysine methylation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05830
ath:AT2G31650
ath:AT3G61740
ath:AT4G27910
ath:AT5G53430
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.931
排名 1 · LXL04_035172 · OH-1004
细胞质0.111
排名 2 · LXL04_035172 · OH-1004
细胞膜0.030
排名 3 · LXL04_035172 · OH-1004
质体0.015
排名 4 · LXL04_035172 · OH-1004
内质网0.014
排名 5 · LXL04_035172 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00855.24PWWP241-335 aa
PF00628.36PHD428-478 aa
PF00628.36PHD623-668 aa
PF13831.13PHD_2635-669 aa
PF13832.13zf-HC5HC2H_2676-788 aa
PF13771.13zf-HC5HC2H698-789 aa
PF00856.34SET924-1029 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_035172PF00855.24PWWP2413355e-1350.1
LXL04_035172PF00628.36PHD4284783.9e-0833.9
LXL04_035172PF00628.36PHD6236683.9e-0833.9
LXL04_035172PF13831.13PHD_26356692.8e-1143.4
LXL04_035172PF13832.13zf-HC5HC2H_26767882.4e-2796.0
LXL04_035172PF13771.13zf-HC5HC2H6987892.5e-1350.8
LXL04_035172PF00856.34SET92410298e-2484.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SUE7拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase ATX459.553%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8GZ42拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase ATX559.372%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9M364拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase ATX350.714%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9C5X4拟南芥Histone H3-lysine(4) N-trimethyltransferase ATX133.617%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
P0CB22拟南芥Histone-lysine N-methyltransferase ATX234.115%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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