LXL04_035122 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035122

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 14988614-14995261 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1836 bp · LXL04_035122|LXL04_035122|OH1004|cDNA

ATGCAAACTCATCTTGATAAAGAATCAAAGAAGAATTTTTTTGCTGGTGACGAAGCAGCGGGGAAGCAGTTTTGTACCGAGAAGACAAGGGAAGCATATGAAGCATACTCTCGAGCCTTGGTTGAGAAGTATGGGGATGATTTACGTGATCATGCAATTGATCATGTTGAACTTTGGAAGATAAGTAAATGTTCGAAGACCAGTTACATATATGGGATTGGATCCTCAGATTTGGAGTATGTGGTCACGGGGAAATCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1836 bp · LXL04_035122|LXL04_035122|OH1004|CDS

ATGCAAACTCATCTTGATAAAGAATCAAAGAAGAATTTTTTTGCTGGTGACGAAGCAGCGGGGAAGCAGTTTTGTACCGAGAAGACAAGGGAAGCATATGAAGCATACTCTCGAGCCTTGGTTGAGAAGTATGGGGATGATTTACGTGATCATGCAATTGATCATGTTGAACTTTGGAAGATAAGTAAATGTTCGAAGACCAGTTACATATATGGGATTGGATCCTCAGATTTGGAGTATGTGGTCACGGGGAAATCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

611 aa · LXL04_035122|LXL04_035122|OH1004|PROTEIN

MQTHLDKESKKNFFAGDEAAGKQFCTEKTREAYEAYSRALVEKYGDDLRDHAIDHVELWKISKCSKTSYIYGIGSSDLEYVVTGKSSTASCSSSSCESQHEVNELRIKLDTVEKDILLIRAVNEPNGHERRLVHVCSFNFKRYPVLLVAIYATILASEFLLRREVNINTSLLKTNMGNILMQKYEFGKMLGQGNFAKVYHGRDLKSGQSIAIKVIDKEKVLKVGLIDQTKREISVMKTVKHPNIIQLYEVMATKTKIYFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035122`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035122

位置 Chr08:14988614-14995261 (+)

描述 Similar to CIPK2: CBL-interacting protein kinase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45820`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	Constitutive activation and transgenic evaluation of the function of an arabidopsis PKS protein kinase.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m205504200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0678600`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os05g0332300`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os01g0206700`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os03g0339900`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035122 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G45820

dosa:Os01g0206700

dosa:Os03g0339900

dosa:Os05g0332300

dosa:Os07g0678600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.545

排名 1 · LXL04_035122 · OH-1004

细胞核0.445

排名 2 · LXL04_035122 · OH-1004

细胞膜0.107

排名 3 · LXL04_035122 · OH-1004

内质网0.057

排名 4 · LXL04_035122 · OH-1004

线粒体0.036

排名 5 · LXL04_035122 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase184-438 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr185-434 aa

PF03109.23ABC1233-329 aa

PF14531.13Kinase-like272-387 aa

PF03822.21NAF485-540 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035122	`PF00069.32`	Pkinase	184	438	2.2e-75	254.2
LXL04_035122	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	185	434	1.2e-37	130.4
LXL04_035122	`PF03109.23`	ABC1	233	329	2.4e-06	27.6
LXL04_035122	`PF14531.13`	Kinase-like	272	387	1.1e-06	28.9
LXL04_035122	`PF03822.21`	NAF	485	540	1.2e-19	70.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ54`	拟南芥	CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 20	58.503%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7X996`	水稻	CBL-interacting protein kinase 2	62.069%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5W736`	水稻	CBL-interacting protein kinase 18	61.187%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LWM4`	水稻	CBL-interacting protein kinase 5	58.257%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10LQ2`	水稻	CBL-interacting protein kinase 10	57.684%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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