LXL04_035033 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035033

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 11610932-11613693 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1881 bp · LXL04_035033|LXL04_035033|OH1004|cDNA

ATGGCGGCAAGGGTGCAACACTCCCTTCAATTTCAAAGAAACAGCCTCAACACCTTCTTCTTCTCGTCGTCATCGTCTTCTTTTTCGAACTCGATCAACAAAACCCAATTCCGATACCGTTCAAAATGGTTCtcatcgtcttcttcttcttcttccaaaaGGCCAGGAGCCGCTTTATACTGCACTTGCAGTAGCAGTTCTAATTCTACCGATCTAAATTCAACAGCGATGCCGACAAAAGAAGACCCCTTTGTCCTGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1881 bp · LXL04_035033|LXL04_035033|OH1004|CDS

ATGGCGGCAAGGGTGCAACACTCCCTTCAATTTCAAAGAAACAGCCTCAACACCTTCTTCTTCTCGTCGTCATCGTCTTCTTTTTCGAACTCGATCAACAAAACCCAATTCCGATACCGTTCAAAATGGTTCTCATCGTCTTCTTCTTCTTCTTCCAAAAGGCCAGGAGCCGCTTTATACTGCACTTGCAGTAGCAGTTCTAATTCTACCGATCTAAATTCAACAGCGATGCCGACAAAAGAAGACCCCTTTGTCCTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

626 aa · LXL04_035033|LXL04_035033|OH1004|PROTEIN

MAARVQHSLQFQRNSLNTFFFSSSSSSFSNSINKTQFRYRSKWFSSSSSSSSKRPGAALYCTCSSSSNSTDLNSTAMPTKEDPFVLTTPLYYVNAPPHMGSAYSTIAADAIARFQRLTGKKVIFITGTDEHGEKIATAAAAGGSSPNDHCDTISQSYRALWKDLDISYDKFIRTTDSKHETIVEEFYSKVLSNGDIYRADYEGLYCVNCEEYKDEKELLEDNCCPMHLKPCVARKEDNYFFALSKYQKRLEVILEHNPDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035033`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035033

位置 Chr08:11610932-11613693 (-)

描述 Similar to OVA1: Methionine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g55400`	蛋氨酸-tRNA连接酶，叶绿体/线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035033 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006431 methionyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0004825 methionine-tRNA ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aae:aq_1257

ana:all0233

ath:AT3G55400

syn:slr0649

tel:tlr0750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.827

排名 1 · LXL04_035033 · OH-1004

线粒体0.241

排名 2 · LXL04_035033 · OH-1004

细胞质0.069

排名 3 · LXL04_035033 · OH-1004

细胞核0.034

排名 4 · LXL04_035033 · OH-1004

过氧化物酶体0.022

排名 5 · LXL04_035033 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00133.29tRNA-synt_179-295 aa

PF09334.18tRNA-synt_1g85-223 aa

PF01406.26tRNA-synt_1e96-252 aa

PF09334.18tRNA-synt_1g217-443 aa

PF00133.29tRNA-synt_1301-409 aa

PF01406.26tRNA-synt_1e363-423 aa

PF19303.6Anticodon_3466-595 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035033	`PF00133.29`	tRNA-synt_1	79	295	3.6e-26	92.6
LXL04_035033	`PF09334.18`	tRNA-synt_1g	85	223	1.5e-107	360.5
LXL04_035033	`PF01406.26`	tRNA-synt_1e	96	252	2.9e-14	53.9
LXL04_035033	`PF09334.18`	tRNA-synt_1g	217	443	1.5e-107	360.5
LXL04_035033	`PF00133.29`	tRNA-synt_1	301	409	3.6e-26	92.6
LXL04_035033	`PF01406.26`	tRNA-synt_1e	363	423	2.9e-14	53.9
LXL04_035033	`PF19303.6`	Anticodon_3	466	595	2.3e-09	38.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2T9`	拟南芥	Methionine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial	75.168%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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