LXL04_034589 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034589

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 108440406-108443357 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

942 bp · LXL04_034589|LXL04_034589|OH1004|cDNA

ATGGAAATAGAGAAATGTAATAGTATTGGAAAGCGAGGAAGACGATCGCCAAGCTGGCACTCATTTGGAAGCCATAGTTGGAGCTTTGAAGAAGTCTTTGTGACCACAAATCATAGCAGAAGCAACAGTCAtgctgaagaagatgaagaagctCTAAAACAGGCAGCCATGGAGAAACTGCCCGAATTTGATGAATTAAGAAGCACAGTTATCGAATCTTGTGTTGTAACAGAAATGGAAGAAAATACGGGAAAGATTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

942 bp · LXL04_034589|LXL04_034589|OH1004|CDS

ATGGAAATAGAGAAATGTAATAGTATTGGAAAGCGAGGAAGACGATCGCCAAGCTGGCACTCATTTGGAAGCCATAGTTGGAGCTTTGAAGAAGTCTTTGTGACCACAAATCATAGCAGAAGCAACAGTCATGCTGAAGAAGATGAAGAAGCTCTAAAACAGGCAGCCATGGAGAAACTGCCCGAATTTGATGAATTAAGAAGCACAGTTATCGAATCTTGTGTTGTAACAGAAATGGAAGAAAATACGGGAAAGATTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

313 aa · LXL04_034589|LXL04_034589|OH1004|PROTEIN

MEIEKCNSIGKRGRRSPSWHSFGSHSWSFEEVFVTTNHSRSNSHAEEDEEALKQAAMEKLPEFDELRSTVIESCVVTEMEENTGKIESQLLIEKLFNVVEEDNGKFLKKIRDRYDKAEVSVPTVEVRYEHLNVEADCFIGDRALPTLGNTLRNVADSALTFLGITLSQTTKLTILSDASGIISPSRMTLLLGPPSSGKTTLLQALAGKLDSSLKVEGKVTYNGHTLKEFVPQRTCAYVSQHDVHVAEMTVKETLDFSARC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034589`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034589

位置 Chr07:108440406-108443357 (-)

描述 Similar to ABCG29: ABC transporter G family member 29

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16340`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g59870`	与 ABCG37 一起，通过在香豆素（如莨菪苷）和生长素前体吲哚-3-丁酸（IBA）外排运输中发挥双重作用，调节生长素稳态及响应，从而影响子叶、根和根毛的发育。	Loss of AtPDR8, a plasma membrane ABC transporter of Arabidopsis thaliana, causes hypersensitive cell death upon pathogen infection.2006 · DOI: 10.1093/pcp/pcj001 Arabidopsis PEN3/PDR8, an ATP binding cassette transporter, contributes to nonhost resistance to inappropriate pathogens that enter by direct penetration.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.038372 The ABC transporter AtPDR8 is a cadmium extrusion pump conferring heavy metal resistance.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03044.x Extracellular transport and integration of plant secretory proteins into pathogen-induced cell wall compartments.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03743.x Glucosinolate metabolites required for an Arabidopsis innate immune response.2009 · DOI: 10.1126/science.1164627 The Arabidopsis PLEIOTROPIC DRUG RESISTANCE8/ABCG36 ATP binding cassette transporter modulates sensitivity to the auxin precursor indole-3-butyric acid.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.065821 Overexpression of AtABCG36 improves drought and salt stress resistance in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2010.01353.x Arabidopsis PIS1 encodes the ABCG37 transporter of auxinic compounds including the auxin precursor indole-3-butyric acid.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1005878107 Induction and suppression of PEN3 focal accumulation during Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 infection of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1094/mpmi-11-12-0262-r Role of the penetration-resistance genes PEN1, PEN2 and PEN3 in the hypersensitive response and race-specific resistance in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12571 Mutant Allele-Specific Uncoupling of PENETRATION3 Functions Reveals Engagement of the ATP-Binding Cassette Transporter in Distinct Tryptophan Metabolic Pathways.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00182 ABC transporter PEN3/PDR8/ABCG36 interacts with calmodulin that, like PEN3, is required for Arabidopsis nonhost resistance.2016 · DOI: 10.1111/nph.13582 An Arabidopsis Lipid Flippase Is Required for Timely Recruitment of Defenses to the Host-Pathogen Interface at the Plant Cell Surface.2017 · DOI: 10.1016/j.molp.2017.04.003 Arabidopsis Transporter ABCG37/PDR9 contributes primarily highly oxygenated Coumarins to Root Exudation.2017 · DOI: 10.1038/s41598-017-03250-6 Expression analysis of transporter genes for screening candidate monolignol transporters using Arabidopsis thaliana cell suspensions during tracheary element differentiation.2018 · DOI: 10.1007/s10265-017-0979-4 Arabidopsis BTB/POZ protein-dependent PENETRATION3 trafficking and disease susceptibility.2017 · DOI: 10.1038/s41477-017-0039-z
`At1g15210`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0554800`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034589 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0002239 response to oomycetes 生物过程

GO:0002240 response to molecule of oomycetes origin 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15210

ath:AT1G59870

ath:AT3G16340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.479

排名 1 · LXL04_034589 · OH-1004

细胞质0.294

排名 2 · LXL04_034589 · OH-1004

细胞核0.203

排名 3 · LXL04_034589 · OH-1004

内质网0.078

排名 4 · LXL04_034589 · OH-1004

高尔基体0.064

排名 5 · LXL04_034589 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14510.12ABC_trans_N100-149 aa

PF00005.34ABC_tran176-277 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034589	`PF14510.12`	ABC_trans_N	100	149	7e-07	30.3
LXL04_034589	`PF00005.34`	ABC_tran	176	277	7.4e-11	43.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94A18`	拟南芥	ABC transporter G family member 29	60.563%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XIE2`	拟南芥	ABC transporter G family member 36	52.560%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7PC86`	拟南芥	ABC transporter G family member 35	53.199%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z9S8`	水稻	ABC transporter G family member 42	48.955%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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