LXL04_034428 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034428

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 100249265-100250905 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

594 bp · LXL04_034428|LXL04_034428|OH1004|cDNA

ATGGAGTCTGCCCTGACACTCAAACCGGTCATCAACGTCGCTGCCATCTGCGGTTCCCTTCGAAAAGCCTCCTTCAACCAAGGTCTCATCCGTTCCGCCATCGATTTGACCAAGCAATCAGTTGATGGAATGGCTATCGAGCACCTCGACATATCGCCGTTGCCGATGCTTAACACAGATCTCGAGATCGACGGCAAATATCCACCAGCAGTCGAGGTTTTCCGTCAGAAGATTCTTCAATCCGATTGTTTCCTCTTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

594 bp · LXL04_034428|LXL04_034428|OH1004|CDS

ATGGAGTCTGCCCTGACACTCAAACCGGTCATCAACGTCGCTGCCATCTGCGGTTCCCTTCGAAAAGCCTCCTTCAACCAAGGTCTCATCCGTTCCGCCATCGATTTGACCAAGCAATCAGTTGATGGAATGGCTATCGAGCACCTCGACATATCGCCGTTGCCGATGCTTAACACAGATCTCGAGATCGACGGCAAATATCCACCAGCAGTCGAGGTTTTCCGTCAGAAGATTCTTCAATCCGATTGTTTCCTCTTCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

197 aa · LXL04_034428|LXL04_034428|OH1004|PROTEIN

MESALTLKPVINVAAICGSLRKASFNQGLIRSAIDLTKQSVDGMAIEHLDISPLPMLNTDLEIDGKYPPAVEVFRQKILQSDCFLFASPEYNYSITAPLKNAIDWASRPPNVWADKAAAIVSAGGGFGGGRSQYILRQSGVYLDLHFINKPEFFLNAFQSPPKFDDEGNLIDAEAKERLRAVLLALKAFTLRLQSSI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034428`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034428

位置 Chr07:100249265-100250905 (-)

描述 Similar to NQR: NADPH:quinone oxidoreductase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27890`	该酶似乎在解毒途径中作为醌还原酶，参与与氢醌类化合物的缀合反应相关的过程。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0953600`	该酶似乎在解毒途径中作为醌还原酶，参与与氢醌类化合物的缀合反应相关的过程。	暂无已核实直接文献
`Os01g0954000`	该酶似乎在解毒途径中作为醌还原酶，参与与氢醌类化合物的缀合反应相关的过程。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034428 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003955 NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity 分子功能

GO:0008753 NADPH dehydrogenase (quinone) activity 分子功能

GO:0010181 FMN binding 分子功能

GO:0016655 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0050136 NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity 分子功能

GO:0052873 FMN reductase (NADPH) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27890

dosa:Os01g0953600

dosa:Os01g0954000

pae:PA1204

sot:102582514

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.608

排名 1 · LXL04_034428 · OH-1004

细胞核0.280

排名 2 · LXL04_034428 · OH-1004

线粒体0.177

排名 3 · LXL04_034428 · OH-1004

过氧化物酶体0.097

排名 4 · LXL04_034428 · OH-1004

细胞膜0.054

排名 5 · LXL04_034428 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03358.21FMN_red12-157 aa

PF02525.23Flavodoxin_215-131 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034428	`PF03358.21`	FMN_red	12	157	1.8e-37	128.9
LXL04_034428	`PF02525.23`	Flavodoxin_2	15	131	2.3e-06	28.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK88`	拟南芥	NADPH:quinone oxidoreductase	72.680%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q941Z0`	水稻	Probable NADPH:quinone oxidoreductase 1	68.718%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q941Y8`	水稻	Probable NADPH:quinone oxidoreductase 2	62.371%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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