LXL04_034316 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034316

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 96286748-96293630 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2118 bp · LXL04_034316|LXL04_034316|OH1004|cDNA

ATGATGTACAATGATCCTCAGCAACAACAGCAGCAGCAACAACCACCACCAATGTATCAGCAACACCCTCCACCACCGCCGCCTCAACAGCAAATGATGCAGCAGCACCCACATCACCAGCACCACCTCCAACAGCCGCCGCCACATCAATTTCACCAGCCGCAGCAAATGGGAGAGTTTCAGAGGGGTCCGCCGCAACAGCAGCATCAGCaaccgccaccgccaccgcaGATGATGCGTCAGACTTCTGCTTCTTCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2118 bp · LXL04_034316|LXL04_034316|OH1004|CDS

ATGATGTACAATGATCCTCAGCAACAACAGCAGCAGCAACAACCACCACCAATGTATCAGCAACACCCTCCACCACCGCCGCCTCAACAGCAAATGATGCAGCAGCACCCACATCACCAGCACCACCTCCAACAGCCGCCGCCACATCAATTTCACCAGCCGCAGCAAATGGGAGAGTTTCAGAGGGGTCCGCCGCAACAGCAGCATCAGCAACCGCCACCGCCACCGCAGATGATGCGTCAGACTTCTGCTTCTTCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

705 aa · LXL04_034316|LXL04_034316|OH1004|PROTEIN

MMYNDPQQQQQQQQPPPMYQQHPPPPPPQQQMMQQHPHHQHHLQQPPPHQFHQPQQMGEFQRGPPQQQHQQPPPPPQMMRQTSASSTTLGGPQEYHQQLNHPPFDDNFAAKRMRKIGQRRAVDYTSTVVRYMQTRLWQRDTRDRTILQPTPAAAIDMLPTVAYSDNPSTSFASKFVHTSLNKNRCSINRVLWTPTGRRLITGSHSGEFTLWNGQSFNFEMILQAHDQPIRSMVWSYNDNWMVTGDDGGSIKYWQNNMNNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034316`
TK1151 ID	TkA04G420850
OH-1004 ID	LXL04_034316
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 68.456 / OH-1004 14.468 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034316

位置 Chr07:96286748-96293630 (-)

描述 Similar to FY: Flowering time control protein FY

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13480`	通过降低FLOWERING LOCUS C mRNA水平，在自主开花途径中调节开花时间。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034316 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006301 DNA damage tolerance 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005847 mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13480

cel:CELE_R06A4.9

hsa:55339

mmu:74320

ncr:NCU00037

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.887

排名 1 · LXL04_034316 · OH-1004

细胞质0.249

排名 2 · LXL04_034316 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_034316 · OH-1004

线粒体0.014

排名 4 · LXL04_034316 · OH-1004

内质网0.013

排名 5 · LXL04_034316 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd135-422 aa

PF30552.1CFAP251_N170-289 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st172-254 aa

PF29037.1DSE1_N172-258 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd174-343 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3177-358 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd177-256 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz178-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034316	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	135	422	1.8e-13	50.9
LXL04_034316	`PF30552.1`	CFAP251_N	170	289	7.6e-10	39.2
LXL04_034316	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	172	254	1.3e-47	162.6
LXL04_034316	`PF29037.1`	DSE1_N	172	258	1.1e-18	68.2
LXL04_034316	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	174	343	1.1e-24	88.1
LXL04_034316	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	177	358	5.9e-68	229.5
LXL04_034316	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	177	256	1.6e-28	100.5
LXL04_034316	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	178	348	8.2e-44	150.8
LXL04_034316	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	179	250	1.5e-29	103.8
LXL04_034316	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	179	264	8e-27	95.0
LXL04_034316	`PF23383.2`	Beta-prop_IFT140_1st	180	268	2.2e-20	73.5
LXL04_034316	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	180	337	1.4e-13	51.6
LXL04_034316	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	181	258	1.8e-47	162.7
LXL04_034316	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	184	296	3.4e-41	142.1
LXL04_034316	`PF24796.2`	WDR55	185	296	1e-32	114.1
LXL04_034316	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	185	390	9.1e-26	91.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NLV4`	拟南芥	Flowering time control protein FY	67.615%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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