LXL04_034226 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034226

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 92282043-92288516 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4164 bp · LXL04_034226|LXL04_034226|OH1004|cDNA

ATGGCTGGGAAATCAAGCAGAGGACGGAATAAGAAAGCGGCACAAAACGCCACAAGTTCTACTGAACAGGCGGCTTCCTCTAATGGTCATTCTAAAGATAACTCGACTCCTGTTGAAGAAACAAAGGTGGACTCCAATGGAGTCCTAGCTTCGGCTGAGGTACAAGCCACGAAGCCAGAGGTTAAGGAGCCAGAAAATGCAAATGTAGAGAACCAGGCTAAGCAAGCAGGTGACATTCATCTTTTCCCGGTTCCTGTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4164 bp · LXL04_034226|LXL04_034226|OH1004|CDS

ATGGCTGGGAAATCAAGCAGAGGACGGAATAAGAAAGCGGCACAAAACGCCACAAGTTCTACTGAACAGGCGGCTTCCTCTAATGGTCATTCTAAAGATAACTCGACTCCTGTTGAAGAAACAAAGGTGGACTCCAATGGAGTCCTAGCTTCGGCTGAGGTACAAGCCACGAAGCCAGAGGTTAAGGAGCCAGAAAATGCAAATGTAGAGAACCAGGCTAAGCAAGCAGGTGACATTCATCTTTTCCCGGTTCCTGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1387 aa · LXL04_034226|LXL04_034226|OH1004|PROTEIN

MAGKSSRGRNKKAAQNATSSTEQAASSNGHSKDNSTPVEETKVDSNGVLASAEVQATKPEVKEPENANVENQAKQAGDIHLFPVPVKTQFGEKLELQLSPSDSVMDVRQFLLDAPETCFFTCYDLLLHTKDGSTHHLEDYHEISEVADITTGDCSLEMIAALYDDRSIRAHVHRTRELLSLSTLHSSLSTSLALQHEMAGQTANSGDPAKSEVLELENLGFMEDVSGSLSNLLSSPSKEIKCVESIVFSSFNPPPSYRRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034226`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034226

位置 Chr07:92282043-92288516 (+)

描述 Similar to FMT: Clustered mitochondria protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52140`	mRNA结合蛋白，参与线粒体在细胞质中的正确分布（通过相似性预测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034226 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0008053 mitochondrial fusion 生物过程

GO:0010636 positive regulation of mitochondrial fusion 生物过程

GO:0019750 chloroplast localization 生物过程

GO:0048312 intracellular distribution of mitochondria 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G52140

cqu:CpipJ_CPIJ001445

ddi:DDB_G0292806

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.640

排名 1 · LXL04_034226 · OH-1004

细胞核0.263

排名 2 · LXL04_034226 · OH-1004

高尔基体0.092

排名 3 · LXL04_034226 · OH-1004

线粒体0.085

排名 4 · LXL04_034226 · OH-1004

细胞膜0.083

排名 5 · LXL04_034226 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15044.12CLU_N100-178 aa

PF13236.12CLU384-646 aa

PF12807.13eIF3_p135779-967 aa

PF24885.2TPR_NPHP3987-1107 aa

PF13424.13TPR_121044-1107 aa

PF13424.13TPR_121078-1150 aa

PF24885.2TPR_NPHP31089-1184 aa

PF13424.13TPR_121120-1182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034226	`PF15044.12`	CLU_N	100	178	9e-15	55.6
LXL04_034226	`PF13236.12`	CLU	384	646	1e-73	248.6
LXL04_034226	`PF12807.13`	eIF3_p135	779	967	1.3e-48	166.1
LXL04_034226	`PF24885.2`	TPR_NPHP3	987	1107	1.1e-14	55.2
LXL04_034226	`PF13424.13`	TPR_12	1044	1107	5.2e-30	104.2
LXL04_034226	`PF13424.13`	TPR_12	1078	1150	5.2e-30	104.2
LXL04_034226	`PF24885.2`	TPR_NPHP3	1089	1184	1.1e-14	55.2
LXL04_034226	`PF13424.13`	TPR_12	1120	1182	5.2e-30	104.2
LXL04_034226	`PF13374.13`	TPR_10	1121	1161	6.2e-17	61.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J5S1`	拟南芥	Clustered mitochondria protein	66.992%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情