LXL04_034213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 91190019-91192405 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1572 bp · LXL04_034213|LXL04_034213|OH1004|cDNA

ATGCCATTCTTCATACGAAGTTTTATGATCATGTTGCTTAGTTTTCTAGCCATCCAATTAAACCTCTGTTTCTCAAACATCCAATTCTCGTTAACCGATTTACGAATCACCGGGCATTTCAGTTTCGTCAACAATGAATTTGCAGGTAAAGATTACGGGAACCAGTTTCGGTTCCTTCCGTTAGCCGTCCTGTACCCTGGATCAGTGTCTGATATAGCTGCAACCGTGAGCCATGTATGGGACTTGGGACCAGGGTCAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1572 bp · LXL04_034213|LXL04_034213|OH1004|CDS

ATGCCATTCTTCATACGAAGTTTTATGATCATGTTGCTTAGTTTTCTAGCCATCCAATTAAACCTCTGTTTCTCAAACATCCAATTCTCGTTAACCGATTTACGAATCACCGGGCATTTCAGTTTCGTCAACAATGAATTTGCAGGTAAAGATTACGGGAACCAGTTTCGGTTCCTTCCGTTAGCCGTCCTGTACCCTGGATCAGTGTCTGATATAGCTGCAACCGTGAGCCATGTATGGGACTTGGGACCAGGGTCAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

523 aa · LXL04_034213|LXL04_034213|OH1004|PROTEIN

MPFFIRSFMIMLLSFLAIQLNLCFSNIQFSLTDLRITGHFSFVNNEFAGKDYGNQFRFLPLAVLYPGSVSDIAATVSHVWDLGPGSGLTVAARGHGHSIQGQAQAHRGIVVNMESLKKPKMKFEFEFGESGFGYVDVSGGELWIDILKESLKFGLAPKSWTDYLHLTVGGTLSNAGISGQAFRHGPQISNVRQLEVVTGKGDVVTCSDEQNADLFNGVLGGLGQFGIITRARIALEPAAQMVKWIRVLYSDFSTFTRDQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034213`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034213

位置 Chr07:91190019-91192405 (-)

描述 Similar to CKX6: Cytokinin dehydrogenase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g63440`	催化细胞分裂素的氧化，细胞分裂素是一类 N(6)-取代腺嘌呤衍生物的植物激素，其取代基为异戊烯基。	暂无已核实直接文献
`At2g41510`	可能催化细胞分裂素的氧化降解。	Vacuolar and cytosolic cytokinin dehydrogenases of Arabidopsis thaliana: heterologous expression, purification and properties.2010 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2010.08.013 Jasmonate inhibits adventitious root initiation through repression of CKX1 and activation of RAP2.6L transcription factor in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1093/jxb/erab358 Cytokinin regulates female gametophyte development by cell cycle modulation in Arabidopsis thaliana.2022 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2022.111419
`At1g75450`	催化细胞分裂素的氧化，这是一类 N(6) 取代腺嘌呤衍生物的植物激素，其中取代基为异戊烯基（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0374200`	催化细胞分裂素的氧化反应，细胞分裂素是一类N(6)-取代腺嘌呤衍生物，是植物激素，其中取代基为异戊烯基（可能）。	Strigolactone promotes cytokinin degradation through transcriptional activation of CYTOKININ OXIDASE/DEHYDROGENASE 9 in rice.2019 · DOI: 10.1073/pnas.1810980116
`Os01g0940000`	催化细胞分裂素的氧化，细胞分裂素是一类 N(6)-取代腺嘌呤衍生物的植物激素，其取代基为异戊烯基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009690 cytokinin metabolic process 生物过程

GO:0009823 cytokinin catabolic process 生物过程

GO:0010103 stomatal complex morphogenesis 生物过程

GO:0048507 meristem development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0019139 cytokinin dehydrogenase activity 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75450

ath:AT2G41510

ath:AT3G63440

dosa:Os01g0940000

dosa:Os05g0374200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.264

排名 1 · LXL04_034213 · OH-1004

内质网0.212

排名 2 · LXL04_034213 · OH-1004

过氧化物酶体0.124

排名 3 · LXL04_034213 · OH-1004

溶酶体／液泡0.122

排名 4 · LXL04_034213 · OH-1004

质体0.114

排名 5 · LXL04_034213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01565.29FAD_binding_460-207 aa

PF09265.16Cytokin-bind240-516 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034213	`PF01565.29`	FAD_binding_4	60	207	1.9e-16	60.8
LXL04_034213	`PF09265.16`	Cytokin-bind	240	516	1.8e-116	389.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LY71`	拟南芥	Cytokinin dehydrogenase 6	65.318%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22213`	拟南芥	Cytokinin dehydrogenase 1	62.453%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67YU0`	拟南芥	Cytokinin dehydrogenase 5	52.662%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75K78`	水稻	Cytokinin dehydrogenase 9	63.253%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JLP4`	水稻	Cytokinin dehydrogenase 4	63.052%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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