RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_034066
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 79302107-79306782 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1254 bp · LXL04_034066|LXL04_034066|OH1004|cDNA

ATGCTTCCTACTTCGGATTCCATCTCGGCTTCGGAAACTCCATCCAGCATCGGAGACTTGGCGCTTCGGACTCCTCTACCGCTTCGGAATCCCGTTTCGGCCTCGGAAACCATCTTCCGGAGTCACCCTCTTCCGCAACCCATCCAACTGTCGCAGCAATTTCATAGCTCCGAAGTAACCCTTTTCACGATCATCATCGTTAATTTCAACCTACCAATGAAAGGCGGATTTTCTGTCTCAGACGGGAGCTCCAGACCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1254 bp · LXL04_034066|LXL04_034066|OH1004|CDS

ATGCTTCCTACTTCGGATTCCATCTCGGCTTCGGAAACTCCATCCAGCATCGGAGACTTGGCGCTTCGGACTCCTCTACCGCTTCGGAATCCCGTTTCGGCCTCGGAAACCATCTTCCGGAGTCACCCTCTTCCGCAACCCATCCAACTGTCGCAGCAATTTCATAGCTCCGAAGTAACCCTTTTCACGATCATCATCGTTAATTTCAACCTACCAATGAAAGGCGGATTTTCTGTCTCAGACGGGAGCTCCAGACCTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

417 aa · LXL04_034066|LXL04_034066|OH1004|PROTEIN

MLPTSDSISASETPSSIGDLALRTPLPLRNPVSASETIFRSHPLPQPIQLSQQFHSSEVTLFTIIIVNFNLPMKGGFSVSDGSSRPSVDASSDCSAPEVDRITIATTTGVTESSQLYADRLHLILRYISAEKLLINGRLFLIETLFIENEVEALYELFEKLSSSLHVDGLIGKDEFLLPLFRDHGQRKLFADRIFDLFDVNRSGHIDFTEFVRSLGVFHPKAPQAEKILFILSPAIKQRSMDGGQKGLTPSQICVILRDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_034066
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_034066
位置Chr07:79302107-79306782 (-)
描述Similar to CBL4: Calcineurin B-like protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g24270 可能作为钙传感器，参与细胞内 Na⁺、K⁺ 稳态及耐盐性的调控。
The Arabidopsis SOS2 protein kinase physically interacts with and is activated by the calcium-binding protein SOS3.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.7.3735
SOS3 function in plant salt tolerance requires N-myristoylation and calcium binding.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.9.1667
Regulation of SOS1, a plasma membrane Na+/H+ exchanger in Arabidopsis thaliana, by SOS2 and SOS3.2002 · DOI: 10.1073/pnas.122224699
Calcium-dependent modulation and plasma membrane targeting of the AKT2 potassium channel by the CBL4/CIPK6 calcium sensor/protein kinase complex.2011 · DOI: 10.1038/cr.2011.50
Arabidopsis SOS3 plays an important role in salt tolerance by mediating calcium-dependent microfilament reorganization.2013 · DOI: 10.1007/s00299-012-1348-3
At5g47100 作为钙传感器参与脱落酸 信号传导和应激诱导的 ABA 生物合成途径。
The calcium sensor calcineurin B-like 9 modulates abscisic acid sensitivity and biosynthesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1105/tpc.021311
A protein kinase, interacting with two calcineurin B-like proteins, regulates K+ transporter AKT1 in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.06.011
Two calcineurin B-like calcium sensors, interacting with protein kinase CIPK23, regulate leaf transpiration and root potassium uptake in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03236.x
The Calcineurin B-like calcium sensors CBL1 and CBL9 together with their interacting protein kinase CIPK26 regulate the Arabidopsis NADPH oxidase RBOHF.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst009

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0291000 充当钙传感器。 暂无已核实直接文献
Os05g0534400 作为钙传感器，参与控制细胞内 Na(+) 和 K(+) 稳态和耐盐性的调节途径。
Conservation of the salt overly sensitive pathway in rice.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092635
Os02g0291400 充当钙传感器。
Expression analysis of the calcineurin B-like gene family in rice (Oryza sativa L.) under environmental stresses.2008 · DOI: 10.1016/j.gene.2008.02.011
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034066 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005513 detection of calcium ion 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程
GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程
GO:0042539 hypotonic salinity response 生物过程
GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0005955 calcineurin complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G24270
ath:AT5G47100
dosa:Os02g0291000
dosa:Os05g0534400
osa:107276173
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.459
排名 1 · LXL04_034066 · OH-1004
细胞核0.404
排名 2 · LXL04_034066 · OH-1004
线粒体0.125
排名 3 · LXL04_034066 · OH-1004
细胞膜0.091
排名 4 · LXL04_034066 · OH-1004
内质网0.069
排名 5 · LXL04_034066 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00036.39EF-hand_1192-213 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_034066PF00036.39EF-hand_11922131.9e-0627.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81223拟南芥Calcineurin B-like protein 467.816%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LTB8拟南芥Calcineurin B-like protein 961.364%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q3HRP0水稻Calcineurin B-like protein 764.773%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q75KU4水稻Calcineurin B-like protein 461.364%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q3HRN9水稻Calcineurin B-like protein 860.227%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看