LXL04_033771 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033771

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 56624785-56627897 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1254 bp · LXL04_033771|LXL04_033771|OH1004|cDNA

ATGCTAAACGCTAGCAGATCAAGAACTCAGCCCAGGCCTAACCGATCTCATCCTCTCGGAGGCATGGACTATGTGGACCCGAAGAAGAAAAATGGTGTTATAGGAAAGATCCTTTTGGCAGCAGGCCTTACTGCAATATGCATTCTCATGCTCAAACAATCCCAATCTTTCAACACTCCTAGTCCTTTTTCTCGCCATGAAACGGGAGTTACTCATGTCTTAGTAACCGGAGGTGCTGGTTATATCGGTTCTCATGCGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1254 bp · LXL04_033771|LXL04_033771|OH1004|CDS

ATGCTAAACGCTAGCAGATCAAGAACTCAGCCCAGGCCTAACCGATCTCATCCTCTCGGAGGCATGGACTATGTGGACCCGAAGAAGAAAAATGGTGTTATAGGAAAGATCCTTTTGGCAGCAGGCCTTACTGCAATATGCATTCTCATGCTCAAACAATCCCAATCTTTCAACACTCCTAGTCCTTTTTCTCGCCATGAAACGGGAGTTACTCATGTCTTAGTAACCGGAGGTGCTGGTTATATCGGTTCTCATGCGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

417 aa · LXL04_033771|LXL04_033771|OH1004|PROTEIN

MLNASRSRTQPRPNRSHPLGGMDYVDPKKKNGVIGKILLAAGLTAICILMLKQSQSFNTPSPFSRHETGVTHVLVTGGAGYIGSHAALRLLKDSHRVTIVDNLSRGNLGAVKVLQDMFPEPGRLQFIYADLGDPKAVNKIFAENAFDAVMHFAAVAYVGESTLDPLKYYHNITSNTLGIMEAMSAYNVNTLIYSSTCATYGEPEKMPITEETPQLPINPYGKAKKMAEDIILDFHKNSDMAVMILRYFNVIGSDPEGRLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033771`
TK1151 ID	TkAUNG065020
OH-1004 ID	LXL04_033771
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033771

位置 Chr07:56624785-56627897 (+)

描述 Similar to MUR4: UDP-arabinose 4-epimerase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30620`	充当 UDP-D-木糖 4-差向异构酶，但在体外缺乏 UDP-D-葡萄糖和 UDP-D-葡萄糖醛酸 4-差向异构酶活性。	The biosynthesis of L-arabinose in plants: molecular cloning and characterization of a Golgi-localized UDP-D-xylose 4-epimerase encoded by the MUR4 gene of Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1105/tpc.008425
`At4g20460`	可能的UDP-阿拉伯糖4-表异构酶3。	暂无已核实直接文献
`At2g34850`	推定 UDP-阿拉伯糖 4-表异构酶 2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0139400`	可能是UDP-阿拉伯糖4-表异构酶1。	暂无已核实直接文献
`Os08g0129700`	可能的UDP-阿拉伯糖4-表异构酶3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033771 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006012 galactose metabolic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0019567 arabinose biosynthetic process 生物过程

GO:0033358 UDP-L-arabinose biosynthetic process 生物过程

GO:0045227 capsule polysaccharide biosynthetic process 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0032580 Golgi cisterna membrane 细胞组分

GO:0003978 UDP-glucose 4-epimerase activity 分子功能

GO:0050373 UDP-arabinose 4-epimerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30620

ath:AT2G34850

ath:AT4G20460

dosa:Os07g0139400

dosa:Os08g0129700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.587

排名 1 · LXL04_033771 · OH-1004

内质网0.175

排名 2 · LXL04_033771 · OH-1004

细胞质0.098

排名 3 · LXL04_033771 · OH-1004

溶酶体／液泡0.093

排名 4 · LXL04_033771 · OH-1004

细胞外0.085

排名 5 · LXL04_033771 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04321.24RmlD_sub_bind72-252 aa

PF01370.28Epimerase73-334 aa

PF02719.22Polysacc_synt_273-253 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd74-390 aa

PF01073.263Beta_HSD74-235 aa

PF07993.19NAD_binding_475-257 aa

PF13460.13NAD_binding_1077-250 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033771	`PF04321.24`	RmlD_sub_bind	72	252	2.8e-11	43.8
LXL04_033771	`PF01370.28`	Epimerase	73	334	6.2e-51	173.8
LXL04_033771	`PF02719.22`	Polysacc_synt_2	73	253	8.9e-13	48.8
LXL04_033771	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	74	390	2.3e-52	179.3
LXL04_033771	`PF01073.26`	3Beta_HSD	74	235	3.8e-13	49.8
LXL04_033771	`PF07993.19`	NAD_binding_4	75	257	1.2e-06	28.7
LXL04_033771	`PF13460.13`	NAD_binding_10	77	250	4.7e-08	33.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SA77`	拟南芥	UDP-arabinose 4-epimerase 1	80.336%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SUN3`	拟南芥	Probable UDP-arabinose 4-epimerase 3	79.469%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O64749`	拟南芥	Putative UDP-arabinose 4-epimerase 2	79.661%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H930`	水稻	Probable UDP-arabinose 4-epimerase 1	78.147%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H0B2`	水稻	Probable UDP-arabinose 4-epimerase 3	80.201%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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