LXL04_033729 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033729

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 54567627-54573747 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1767 bp · LXL04_033729|LXL04_033729|OH1004|cDNA

ATGGCTTCCAAGCGACAAAGGCTTACAGCTGGTAATCCACGTGGGCGGGATACTATATTCAGTGACGTAGTTCCTTCATCTGTTGTTGAGATTGCGCCAATTCTTCATGCTGCCGATGAAATTGAATCAGAAAATCCAAGAGTTGCCTACCTTTGTCGATTCTATGCCTTTGAAAAAGCTCATGTACTTGATCCATCATCAAGTGGTCGTGGTGTTTGTCTCTTCAAGACCGCCCTAATTCGTCGCCTAGAAAAGcTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1767 bp · LXL04_033729|LXL04_033729|OH1004|CDS

ATGGCTTCCAAGCGACAAAGGCTTACAGCTGGTAATCCACGTGGGCGGGATACTATATTCAGTGACGTAGTTCCTTCATCTGTTGTTGAGATTGCGCCAATTCTTCATGCTGCCGATGAAATTGAATCAGAAAATCCAAGAGTTGCCTACCTTTGTCGATTCTATGCCTTTGAAAAAGCTCATGTACTTGATCCATCATCAAGTGGTCGTGGTGTTTGTCTCTTCAAGACCGCCCTAATTCGTCGCCTAGAAAAGCTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

588 aa · LXL04_033729|LXL04_033729|OH1004|PROTEIN

MASKRQRLTAGNPRGRDTIFSDVVPSSVVEIAPILHAADEIESENPRVAYLCRFYAFEKAHVLDPSSSGRGVCLFKTALIRRLEKLPLAAGPGFLSVYADEVESSNPRAAYLCRVYAHEKTNKRDPLSSGGGGGVHQYKIALIRGLKKQDTESPDSQRNSDAHGMQAFYQHYYRNHIKRLQKADNFDRSRLTKAYQTAAVLFEVLKAVCLEQSIDVAVEILKTHTQITDMYTRTILSLDPESPNQAIQKRREVSSKNRVM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033729`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033729

位置 Chr07:54567627-54573747 (+)

描述 Similar to HERK1: Receptor-like protein kinase HERK 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46290`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
`At5g39000`	推测的受体样蛋白激酶At5g39000。	暂无已核实直接文献
`At5g38990`	可能的受体样蛋白激酶At5g38990。	暂无已核实直接文献
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献
`At3g51550`	可能通过调节雌配子体助细胞中 MLO7 的极性定位，参与受精时对花粉管生长及雄配子递送的调控。	FERONIA receptor-like kinase regulates RHO GTPase signaling of root hair development.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1005366107

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033729 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46290

ath:AT3G51550

ath:AT5G38990

ath:AT5G39000

ath:AT5G59700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.518

排名 1 · LXL04_033729 · OH-1004

细胞核0.289

排名 2 · LXL04_033729 · OH-1004

细胞膜0.248

排名 3 · LXL04_033729 · OH-1004

内质网0.075

排名 4 · LXL04_033729 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 5 · LXL04_033729 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04652.22Vta131-85 aa

PF04652.22Vta198-211 aa

PF00069.32Pkinase284-557 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr287-560 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033729	`PF04652.22`	Vta1	31	85	1.3e-15	58.3
LXL04_033729	`PF04652.22`	Vta1	98	211	1.3e-15	58.3
LXL04_033729	`PF00069.32`	Pkinase	284	557	2.6e-44	152.3
LXL04_033729	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	287	560	3.6e-46	158.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX66`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HERK 1	43.558%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FID8`	拟南芥	Putative receptor-like protein kinase At5g39000	46.441%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FID9`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g38990	44.951%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FN92`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g59700	45.338%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SCZ4`	拟南芥	Receptor-like protein kinase FERONIA	41.358%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情