LXL04_033603 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033603

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 49160004-49163236 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

891 bp · LXL04_033603|LXL04_033603|OH1004|cDNA

ATGCTGACCCTGTTGACTCGGAGGAACCTGCAGCATCTCTTGAACACAGCCCCAAACAACGACACTATTCCGAAAATGCCCTCGGAGGCTGTTATTTCTACCATTCCTGATCCAATTGCTACTTTCCCAGAATTGCTGCAACTGACAGAGCCCTTTCCCATGAAAGCAATACCTCCTTTTGTAAAGAAGTTTAAAACCATAATTCATCCTGGAGAGGTCAATCGCATCAGGGAGCTTCCTCCAAACAGCAAAATTATAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

891 bp · LXL04_033603|LXL04_033603|OH1004|CDS

ATGCTGACCCTGTTGACTCGGAGGAACCTGCAGCATCTCTTGAACACAGCCCCAAACAACGACACTATTCCGAAAATGCCCTCGGAGGCTGTTATTTCTACCATTCCTGATCCAATTGCTACTTTCCCAGAATTGCTGCAACTGACAGAGCCCTTTCCCATGAAAGCAATACCTCCTTTTGTAAAGAAGTTTAAAACCATAATTCATCCTGGAGAGGTCAATCGCATCAGGGAGCTTCCTCCAAACAGCAAAATTATAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

296 aa · LXL04_033603|LXL04_033603|OH1004|PROTEIN

MLTLLTRRNLQHLLNTAPNNDTIPKMPSEAVISTIPDPIATFPELLQLTEPFPMKAIPPFVKKFKTIIHPGEVNRIRELPPNSKIIATHTDSGPLKGLWKEAVALNELRQSDTCKILVHIFFAQNNTSKEDDEKSLVAAVAQIKGKLNPFSLSLLLFGVILPSFSANLEMAKENHEKAVSLLKGVLDYDSFKDVDSVVEICQLLDLMFKWLHMEESLTEIVWFPYKFLCRFGHILDFIKRNNSKRFFKDDMEKVIKYQWL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033603`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033603

位置 Chr07:49160004-49163236 (-)

描述 Similar to Glyoxysomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein MFP-a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19520`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	Regulation of flowering time by FVE, a retinoblastoma-associated protein.2004 · DOI: 10.1038/ng1295 A genetic link between cold responses and flowering time through FVE in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1038/ng1298
`At4g29730`	核心组蛋白结合亚基，可能以由核小体 DNA 调控的方式，将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白去乙酰化酶靶向其组蛋白底物（通过相似性）。	Arabidopsis PWWP domain proteins mediate H3K27 trimethylation on FLC and regulate flowering time.2018 · DOI: 10.1111/jipb.12630
`At3g06860`	参与种子萌发过程中的过氧化物酶体脂肪酸β-氧化。	The Arabidopsis thaliana multifunctional protein gene (MFP2) of peroxisomal beta-oxidation is essential for seedling establishment.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02650.x The multifunctional protein in peroxisomal beta-oxidation: structure and substrate specificity of the Arabidopsis thaliana protein MFP2.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.106005 Peroxisomal β-oxidation regulates histone acetylation and DNA methylation in Arabidopsis .2019 · DOI: 10.1073/pnas.1904143116

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033603 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19520

ath:AT3G06860

ath:AT4G29730

bna:106389027

csv:101210295

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.517

排名 1 · LXL04_033603 · OH-1004

细胞质0.199

排名 2 · LXL04_033603 · OH-1004

细胞核0.180

排名 3 · LXL04_033603 · OH-1004

质体0.086

排名 4 · LXL04_033603 · OH-1004

细胞膜0.043

排名 5 · LXL04_033603 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22607`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI4	45.652%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SU78`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI5	86.842%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZPI5`	拟南芥	Peroxisomal fatty acid beta-oxidation multifunctional protein MFP2	37.956%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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