LXL04_033550 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033550

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 47533837-47535989 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

777 bp · LXL04_033550|LXL04_033550|OH1004|cDNA

ATGCACAGAGACCACCCGAGAGAGAGACCACCCGGAAGAGAAGCCGGACCTGGGCAGGGCTCGCATCGGAAGGCGGTGATCGACACAGCAACTGCTCCGATTCAACTTCGATCCGTCTCAGCACCACCGCTTCCCCACGTACGTCCATCCATCGACGACCTCCTCCATCTTCGCATCCCATCTCTTTCACGGCGTCACCCACCAGGCCACCAACATCAGCGCTTCCTCCTGCAGCGACGTCCTCCAATAGGTATAGATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

777 bp · LXL04_033550|LXL04_033550|OH1004|CDS

ATGCACAGAGACCACCCGAGAGAGAGACCACCCGGAAGAGAAGCCGGACCTGGGCAGGGCTCGCATCGGAAGGCGGTGATCGACACAGCAACTGCTCCGATTCAACTTCGATCCGTCTCAGCACCACCGCTTCCCCACGTACGTCCATCCATCGACGACCTCCTCCATCTTCGCATCCCATCTCTTTCACGGCGTCACCCACCAGGCCACCAACATCAGCGCTTCCTCCTGCAGCGACGTCCTCCAATAGGTATAGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

258 aa · LXL04_033550|LXL04_033550|OH1004|PROTEIN

MHRDHPRERPPGREAGPGQGSHRKAVIDTATAPIQLRSVSAPPLPHVRPSIDDLLHLRIPSLSRRHPPGHQHQRFLLQRRPPIGIDFAFEIDFATCQFEIDFASSEFEIDFATCEPEHYYLNLKSVFLPVNLLTSQIGLYASEFGSLPVSIYMLQEIDRMYLLFICFDLYGSLSYQITVMPSRTGYHNMYKEYRDTTLNGSIEQMCKRESTKQFHNCKIKFPLVFKKVRPPTRKLKTTYKAHRGQKQRYPPRPRLIPA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033550`
TK1151 ID	TkA08G273540
OH-1004 ID	LXL04_033550
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.804 / OH-1004 53.101 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033550

位置 Chr07:47533837-47535989 (-)

描述 Similar to RPL18AA: 60S ribosomal protein L18a-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g29965`	大核糖体亚基蛋白eL20w。	暂无已核实直接文献
`At2g34480`	大核糖体亚基蛋白eL20y。	暂无已核实直接文献
`At3g14600`	大核糖体亚基蛋白eL20x。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0752300`	大核糖体亚基蛋白 eL20。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033550 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0022625 cytosolic large ribosomal subunit 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29965

ath:AT2G34480

ath:AT3G14600

dosa:Os01g0752300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.413

排名 1 · LXL04_033550 · OH-1004

细胞质0.408

排名 2 · LXL04_033550 · OH-1004

线粒体0.149

排名 3 · LXL04_033550 · OH-1004

细胞膜0.106

排名 4 · LXL04_033550 · OH-1004

内质网0.075

排名 5 · LXL04_033550 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7K0`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein eL20w	61.798%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P51418`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein eL20y	61.798%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LUD4`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein eL20x	60.674%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q943F3`	水稻	Large ribosomal subunit protein eL20	57.303%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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