LXL04_033521 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033521

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 46122526-46125259 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1801 bp · LXL04_033521|LXL04_033521|OH1004|cDNA

atgcCTTCTTCAGGGGAAAACCTAGAAAGTTATCAAATTCCACTAGAGGAGATCATTAGGGCCACAAAAAACTTCAGTTTAGAAACTCAAATAGGTTATGGTGGATTTGGTATGGTCTTCAAAGGACAACTCTCTGAACAATGGCAAAACCTCCATCAAACGCCTCGACAAAAATGGTTATCAGGGAAAGAATGAGTTTGTTAATGAACTCAAGATGGTTTTTAGTTTCCAACATCCAAACATCATGACGTTCATTGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1704 bp · LXL04_033521|LXL04_033521|OH1004|CDS

ATGGTGGATTTGGTATGGTCTTCAAAGGACAACTCTCTGAACAATGGCAAAACCTCCATCAAACGCCTCGACAAAAATGGTTATCAGGGAAAGAATGAGTTTGTTAATGAACTCAAGATGGTTTTTAGTTTCCAACATCCAAACATCATGACGTTCATTGGTTATTGTGATGATGGCAAAGAGATGATCAGAGTGTATGAGTATGCAATCAATCGAAGCCTCGATATGCATCTCCAAGATCCGAATCAGCGGGGTCGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

567 aa · LXL04_033521|LXL04_033521|OH1004|PROTEIN

MVDLVWSSKDNSLNNGKTSIKRLDKNGYQGKNEFVNELKMVFSFQHPNIMTFIGYCDDGKEMIRVYEYAINRSLDMHLQDPNQRGRITWSQRLMICLGAARGLKYLHSGLGEDMRVIHRDVKSANILLNETLQAKLCDFGLSRFGPRNQPHTQLITRASGTRFYMDPIYNERGRLAKESDVYSFGVVLFEMSSGMLAYHARCCGDGKEHYLLDLVRSYYDDHEVDELEKLIDPVMRDDVNMRSFHTFNKIAHQCINFDSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033521`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033521

位置 Chr07:46122526-46125259 (+)

描述 Similar to ALPHAC-AD: AP-2 complex subunit alpha-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22780`	衔接蛋白复合物2（AP-2）的亚基。	Identification and functional characterization of Arabidopsis AP180, a binding partner of plant alphaC-adaptin.2004 · DOI: 10.1242/jcs.01062
`At5g22770`	衔接蛋白复合物2（AP-2）的亚基。	暂无已核实直接文献
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献
`At5g61350`	可能的受体样蛋白激酶 At5g61350。	暂无已核实直接文献
`At5g39000`	推测的受体样蛋白激酶At5g39000。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0051924 regulation of calcium ion transport 生物过程

GO:0072583 clathrin-dependent endocytosis 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

GO:0097275 intracellular ammonium homeostasis 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G22770

ath:AT5G22780

ath:AT5G39000

ath:AT5G59700

ath:AT5G61350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.509

排名 1 · LXL04_033521 · OH-1004

细胞核0.243

排名 2 · LXL04_033521 · OH-1004

细胞膜0.232

排名 3 · LXL04_033521 · OH-1004

高尔基体0.125

排名 4 · LXL04_033521 · OH-1004

内质网0.101

排名 5 · LXL04_033521 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr11-271 aa

PF00069.32Pkinase14-269 aa

PF02883.27Alpha_adaptinC2330-420 aa

PF02296.23Alpha_adaptin_C438-554 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033521	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	11	271	2.9e-36	125.8
LXL04_033521	`PF00069.32`	Pkinase	14	269	9.6e-36	124.2
LXL04_033521	`PF02883.27`	Alpha_adaptinC2	330	420	6.1e-08	33.6
LXL04_033521	`PF02296.23`	Alpha_adaptin_C	438	554	4.5e-15	56.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPK4`	拟南芥	AP-2 complex subunit alpha-2	63.137%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LPL6`	拟南芥	AP-2 complex subunit alpha-1	59.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FN92`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g59700	40.293%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FLJ8`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g61350	37.248%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FID8`	拟南芥	Putative receptor-like protein kinase At5g39000	36.957%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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